Никашин дал высокую оценку летным характеристикам нового истребителя. В результате 2 апреля 1943 года НКАП выпустил приказ № 187сс, предписывающий заводу № 21 немедленно приступить к выпуску Ла-5 с новой силовой установкой и деревянными лонжеронами крыла и центроплана. Взлетный вес самолета не должен был превышать 3250 кг. Одновременно директору завода № 381 Журавлеву также поручалось наладить на своем предприятии выпуск Ла-5ФН, но с металлическими лонжеронами крыла. Последние были разработаны на этом заводе под руководством главного конструктора П. Д. Грушина, но из-за ряда проблем их освоение задерживалось.
Завод № 21 должен был выпустить 20 Ла-5ФН в апреле, 100 — в мае и 150 — в июне 1943 года. В то же время ВВС должны были провести эксплуатационные испытания, которые требовалось завершить к 10 апреля 1943 года.
В мае и июне ЛИИ и НИИ ВВС провели сравнительные испытания Ла-5ФН и трофейных немецких истребителей Фоке-Вульф FW-190 и Мессершмитт Bf-109G. В учебных воздушных боях принимали участие «сливки» советских летчиков-истребителей и испытателей: М. Л. Галлай, А. И. Гринчик, В. Л. Расторгуев и А. И. Никашин. Стало ясно, что до высоты 3000 м Ла-5ФН превосходит в бою своих противников, а на больших высотах преимущество переходит к немецким машинам.
К запланированному сроку из-за постоянных проблем с качеством изготовления и поставками комплектующих завод № 21 выпустил вместо 270 истребителей только 142. Уже после постройки первых машин стало ясно, что в заданный вес (3250 кг) уложиться не удастся. Фактический вес колебался между 3285 и 3295 кг, что было вызвано большой массой мотора (40 кг дополнительно), новыми выхлопными патрубками (+7,5 кг) и металлическими панелями обшивки центроплана (+7 кг) — в общей сложности 55 кг.
Как и раньше, из-за малого срока, отпущенного на запуск в серию нового самолета, страдало качество изготовления — особенно это коснулось Ла-5ФН первых серий. 8 мая 1943 года заводской пилот Г. А. Мищенко потерпел аварию на Ла-5ФН с/н 39210113 (официальной причиной тогда назвали неправильный расчет при заходе на посадку). Этот же пилот восемь дней спустя, 16 мая, снова испытал судьбу, попав в аварию на Ла-5ФН с/н 39210115. Однако настоящая катастрофа произошла две недели спустя, 31 мая 1943 года, во время переучивания 32 ГИАП. Один из самолетов вошел в плоский перевернутый штопор, из которого пилоту не удалось выйти. Учитывая серьезность проблемы, начальник ЛИИ Чесалов отдал приказ немедленно провести испытания Ла-5ФН, и к 1 июля разработать инструкцию для истребительных частей ВВС. Однако это не решило окончательно проблему — за три месяца 1943 года в летных школах произошло десять катастроф (в большинстве случаев Ла-5 самопроизвольно входили в пикирование). На темпы выпуска истребителей влияли и проблемы с поставками инжекторных насосов.