Завод № 21 спешил, чтобы уложиться в сроки поставок новых самолетов. Из-за этой спешки страдало качество самолетов. Небрежная внешняя отделка, заклиненное в выпущенном положении хвостовое колесо, антенная стойка — все это отрицательно сказалось на летных качествах серийных самолетов. Долгое время не удавалось подобрать вооружение для ЛаГГа-3. Причиной тому была нехватка авиационных пушек и крупнокалиберных пулеметов. Кроме того, сам замысел соединить мощное вооружение с высокими летными характеристиками самолета был нетривиален. Так как пушка МП-6 в серию не пошла, ее решили заменить тремя крупнокалиберными пулеметами БС. Самолеты первых двух производственных серий и частично третьей серии, выпущенные на заводе № 21, были вооружены четырьмя синхронизированными пулеметами: двумя 7,62-мм ШКАС и двумя 12,7-мм БС. Дополнительно один БС ставили в развал блока цилиндров на место пушки. В первом полугодии 1941 года завод № 21 выпустил 214 самолетов (то есть меньше половины запланированного количества). Часть машин поступила в распоряжение ОКБ и НИИ ВВС. В феврале 1941 года выпуск ЛаГГов-3 начался на заводе № 31 в Таганроге (первый самолет поднялся в воздух 23 февраля) и на заводе № 165 в Ростове. В мае 1941 года выпуск начался на заводе № 153 в Новосибирске. Но эти три вместе взятые завода выпускали самолетов меньше, чем один завод в Горьком. В марте нарком Шахурин предложил начать выпуск самолетов на заводе № 600 в Урумчи в Китае, но эта идея не получила поддержки правительства.
В результате модификаций и устранения недостатков взлетная масса самолета постоянно росла. Обнаруживались все новые и новые недостатки. За неделю до начала войны на самолете, пилотировавшемся К. А. Груздевым, во время полета сорвало фонарь кабины, что едва не закончилось катастрофой. В глубоком пикировании возникала вибрация рулей. Поэтому максимальную скорость самолета ограничили 550 км/ч.
Самолеты, выпускавшиеся в первой половине 1941 года, были тяжелее прототипов на 70 кг. Максимальная скорость упала до 550–555 км/ч (то есть на 50 км/ч по сравнению с И-301). Увеличилось время набора высоты и ухудшилась маневренность. Немного уменьшился радиус действия самолета. Армия требовала немедленно вернуть самолету его прежние характеристики. Поскольку более мощного двигателя не было, пришлось идти путем облегчения планера. Прежде всего, пришлось пожертвовать частью вооружения. 31 мая 1941 года появился совместный указ ЦК ВКП(б) и СНК СССР, который определил необходимость усовершенствовать ЛаГГ-3. Нарком авиационной промышленности Шахурин, его заместитель Дементьев, директора заводов № 21 Гостинцев, № 31 Загайнов, № 23 Обознов и главный конструктор Лавочкин получили задание усовершенствовать самолет. Емкость топливных баков уменьшили с 410 до 340 л, емкость маслобака уменьшили на 10 л. В результате дальность полета сократилась на 200 км и теперь не превышала 800 км. Вооружение самолета ограничили 20-мм пушкой ШBAK с боекомплектом 130 выстрелов, одного 12,7-мм пулемета БС с боекомплектом 200 выстрелов и пары 7,62-мм пулеметов ШКАС с боекомплектом 650 выстрелов на ствол. Эти изменения позволили поднять скорость самолета до 590 км/ч.