Столицей нового коронного домена и главной военной базой, стал не самый большой и богатый (но и самый южный) Айдаб, а небольшой городок Марса-Алама, рядом с которым имелись обедневшие, но работающие золотые копи. После покорения Верхнего Египта, города красноморского побережья вернули себе роль торгового узла, возобновив транзитную торговлю между западом и востоком, с перевалкой грузов по Нилу через Кус или Элефантину, где сходились сразу три трассы — с севера по Нилу западные товары, из Айдаба — восточные, а с юга грузы Нубии и Эфиопии.
Госпитальеры тоже остались. В очередной раз внезапно, выяснилось, что на Красном море нужен флот — гонять пиратов. Денег в казне на столь дорогую затею не имелось. Золото уходило на замки западной границы, Элефантины и берегов Красного моря, укрепление Каира, оплату гарнизонов… да и старый, иерусалимский домен, тоже требовал затрат. Трофеи от завоевания разошлись быстро, а поступления росли медленнее. Но и передача генерирующего денежный поток актива в лен, короля не привлекала, отчего он договорился с орденом иоаннитов.
Госпиталь не пожелал ввязываться в бесконечную пустынную войну с берберами, но искал для применения братьев-рыцарей какой-нибудь фронтир. Кроме того, латиняне с удивлением обнаружили, что за южными рубежами Египта проживают христиане. И не только в лежащих недалеко от Элефантины небольших государствах Нубии, но и далее — в Эфиопии, и, что стало самым интересным — среди «морских людей». Последние традиционно занимались рыбной ловлей и пиратством, основные логова имели на острове Сокотра и в архипелаге Дахлак, а этнически представляли собой потомков греческих колонистов, за века вобравших в свою кровь всю пестроту гостей этого торгового перекрестка, но сохранивших христианскую веру. Что стало новым для латинян — в несторианской версии, считавшейся еретической всеми остальными, включая коптов, и подчинявшейся патриарху в Багдаде. Ранее заметных общин несториан франки не встречали, и отношения с ними приходилось строить с нуля. Для чего рыцари-монахи представлялись наиболее подходящим инструментом.
Орден заложил форпост под Айдабом, пользуясь своими огромными финансовыми резервами выстроил флот, и спустя некоторое время, монахи стали моряками. Получив строго лимитированную долю в местной торговле, но ничем не ограниченную в делах финансовых, куда иоанниты внесли накопившийся уже богатый опыт синтеза западных и восточных практик, быстро став ведущим банком от Занзибара до Индии.
С южными христианскими соседями, Каир договорился, а с пиратами пришлось воевать долго и упорно, и основная нагрузка легла на госпитальеров. Победу принесли, как и в случае с берберами, резервы — орден восполнял добровольцами любые потери, пираты воспроизводились медленнее. В 1187 году — знаменательная дата в истории Госпиталя, братья-рыцари захватили центральный остров архипелага Дахлак. В бою погиб великий магистр Роже де Мулен. Название острова совпадало с именем архипелага и переводилось как «
Кроме новых рубежей, с их заботами и перспективами, после победы обострились религиозные вопросы, в части веры новых подданных и политики старых прелатов.
После завоевания Каира и Александрии, патриарх Иерусалима Амори Неслийский немедленно потребовал от коронованного тезки передачи Иерусалима церкви.
Вопрос о столице был спорным с начала латинского завоевания, и клирики претендовали на город вполне, по тогдашним представлениям, обоснованно. Иерусалим оставался в первую очередь именно святым, сакральным местом, а дополнительным аргументом послужила практика Франции и Германии, в которых традиционно города коронации не совпадали со столицами. Каир в качестве стольного города выглядел привлекательно, будучи на порядок больше и богаче, а контролировать территории оттуда казалось удобнее. Патриарха настойчиво поддержал папа Римский, и после долгих переговоров, в 1167 году королевский двор отъехал в Каир. Иерусалим передали патриарху на правах лена, за который свободно избираемые и вводимые в должность папой церковные иерархи, «в светском смысле» приносили присягу королю, обязываясь традиционными