Нижний Египет исламизирован был куда меньше, завоевание тут прошло довольно легко. Былую элиту сменила латинская, но в городах население осталось в немалой доле мусульманским, кроме Александрии, после падения немалой части прежнего населения лишившейся и ставшей в основном христианским городом. В Каире процент мусульман остался значительным, причем поначалу туда стекались безработные бойцы халифа, визирей и эмиров, а первые месяцы нового режима, с лишением мусульман привилегий и возвышением иноверцев, породили протестные настроения. Уже в конце 1164 года, в столице, как упоминалось, случился бунт. Он был плохо организован, не имел внятной цели и толковых лидеров, подавили его быстро, а уцелевших протестующих из города изгнали. Оставшиеся мусульмане успокоились, но риск повторения выступлений оставался, хотя король ввел те же порядки, что и в старых владениях, признав право мусульман жить по своим обычаям в обмен на лояльность.
В остальной части региона, первые годы мусульман часто изгоняли и разоряли. Причиной послужили события в столице, стремление коптов отыграться на бывших привилегированных соседях, отсутствие у многих новых сеньоров, только прибывших из Европы, опыта взаимодействия с иноверцами. Но главное — отсутствие близкого врага. В Леванте, первые годы после падения Иерусалима, жесткость с подданными-иноверцами увеличивала риск удара в спину при постоянном натиске противника, либо эмиграции податного населения, граница проходила недалеко. И это диктовало заигрывание с населением покоренных земель. В Египте (кроме красноморского района) эти сдерживающие факторы отсутствовали. Противник далеко, а бежать особо некуда — не в пустыню же к берберам, и не в давно латинский Левант.
На притеснения мусульмане ответили многочисленными бунтами, разрозненными, плохо подготовленными и не поддержанными коптским населением. Выступления привычно давили собственные феодалы, изредка запрашивая поддержку соседей и при полном одобрении коптов, получавших активы мусульман. Как ранее упоминалось, в исламском мире местное самоуправление развивалось слабо, коммуны не оформились, и сыграл еще один фактор. В Египет сразу после завоевания потянулись не только европейцы, но и левантийцы, из прежних латинских владений. Разумеется, христиане — греческого обряда и монофизиты. В новых краях они стремились завладеть активами покоренного населения, в первую очередь как раз нехристианского. Это увеличивало возмущение местных, но оказалось выгодно не только прямым бенефициарам, а и феодалам, с которыми жители Леванта давно научились находить общий язык. Переселенцы стали опорой франков, а помимо материальных приобретений, фактически получили еще и статус «латинян», сходный с европейскими иммигрантами. В условиях Латинского королевства, это выводило греков, армян и сирийцев в высший класс общества. Франки, конечно, внутри себя имели немало уровней, но, как ранее разбиралось, все они стояли выше местных христиан и иноверцев, а латинянин третьего сословия на практике являлся здесь низшим слоем сословия второго и кандидатом в рыцари.
Мусульманские восстания продолжались в Нижнем Египте лет десять, заняв местных франков, но помощи со стороны почти не требуя. Выделился лишь бунт в Танте в 1166 году, когда мятежники смогли захватить город и на подавление пришлось собирать ополчение с окрестных феодов и из Александрии, но и тот продлился менее года.
В Верхнем Египте копты преобладали, а завоевание шло последовательно, с осадами и штурмами городов, сражениями с отрядами эмиров и засадами на дорогах. Потому активные сторонники ислама погибли под мечами захватчиков в процессе, а латиняне пришли в регион с пониманием выгод торговли и ремесла и уцелевший слой городских мусульман практически сразу получил «иерусалимский статус» и программу «
Спор о Александрийском патриархате, оказался куда сложнее. Проблема заключалась в версии христианского учения большинства населения. Собственно, изначально «