Следствие по делу Каледина началось 5 сентября. Оно длилось неделю. После этого Войсковой круг, принявший на себя судебные обязанности, установил полную необоснованность обвинений, выдвинутых Временным правительством против Войскового атамана. В его резолюции, обнародованной во всех средствах массовой информации Донской области, было указано: «Донскому войску, а вместе с ним и всему казачеству нанесено тяжелое оскорбление. Правительство, имевшее возможность проверить нелепые слухи о Каледине, вместо этого предъявило ему обвинение в мятеже, мобилизовало два военных округа. Московский и Казанский, объявило на военном положении города, отстоящие на сотни верст от Дона, отрешило от должности и приказало арестовать избранника Войска на его собственной территории при посредстве вооруженных солдатских команд».
Эти действия правительства Круг признал «грубым нарушением начал народоправия» и потребовал немедленного восстановления Каледина во всех его правах, срочного опровержения всех сообщений о мятеже на Дону и «безотлагательного расследования виновников ложных сообщений и поспешных мероприятий, на них основанных». Войсковой круг запретил Каледину выезд в Москву для дачи показаний следственной комиссии, назначенной Временным правительством.
В сложившихся условиях Временному правительству не оставалось ничего другого, как согласиться с решением Войскового круга и постараться побыстрее «замять» дело об измене Каледина, которое грозило вылиться в грандиозный скандал между ним и донским казачеством. Для урегулирования этого вопроса новый военный министр генерал А. И. Верховский, получивший столь высокую должность и чин благодаря тому, что был женат на сестре Керенского, в начале октября направил в Новочеркасск генерала Н. Н. Юденича. Авторитет этого генерала – истинного героя боевых действий русских войск на Кавказе в 1913–1916 годах, был настолько высок, что Каледин не мог не прислушаться к его словам. Юденич уполномочен был заявить, что правительство готово пойти навстречу всем законным желаниям казачества и, «признавая ряд допущенных ошибок, считает необходимом устранить все недоразумения, в том числе и печальное недоразумение с генералом Калединым».
Приезд на Дон Юденича был воспринят Калединым и его сторонниками весьма доброжелательно. Алексей Максимович охотно дал показания прибывшей вместе с Юденичем Чрезвычайной следственной комиссии, но уже не в качестве обвиняемого, а в качестве свидетеля. По итогам работы этой комиссии 11 октября Юденич, давая интервью корреспонденту газеты «Вольный Дон», выразил сожаление о том, что «Временное правительство медлит сознаться в своей ошибке», хотя «давно уже убедилось, что бунта на Дону не было». В отчете же военному министру генерал Юденич подчеркнул, что «находит настоятельно необходимым: издать акт о реабилитации генерала Каледина и восстановление его во всех правах; признать полную правомочность создаваемых казаками органов самоуправления; немедленно вывести из казачьих областей все армейские части, присутствие коих нервирует население и окрыляет большевиков». Он делал вывод, что «проведение этих мер желательно завершить к открытию 20 октября съезда в Киеве».