Корнилов составил схему почтового сообщения между Ошем и Памиром, написал ряд рапортов, содержащих сведения о положении дел в Кашгарии. Не раз под видом купца Лавр Георгиевич проникал в самые отдаленные места. Итогом работы стала монография «Кашгария, или Восточный Туркестан. Опыт военно-стратегического описания», которая была издана в Ташкенте в 1903 году. Это исследование до сих пор считается одним из наиболее полных описаний данной территории.
В Кашгаре Корнилову впервые пришлось столкнуться с таким явлением, как народный бунт. Под влиянием слухов о «боксерском восстании» в Китае местное население собиралось разгромить иностранные консульства. Узнав об этом, Корнилов заявил в рапорте на имя окружного генерал-квартирмейстера о необходимости ввести русские войска и подавить малейшие беспорядки. Более того, он даже предложил конкретный план действий в виде отдельной войсковой операции. При этом он сослался на опыт подавления Наполеоном восстания роялистов в Париже в октябре 1795 года. Но представители российских властей не только отказались от его услуг, но и составили специальную докладную, назвав в ней Лавра Георгиевича «несостоятельным Буонапартом».
Здесь же произошел конфликт с консулом Н. Ф. Петровским, заявившим о нарушениях Корнилова в отчетности, а также о предоставлении им недостоверных сведений. Последнее звучало как упрек в непрофессионализме Лавра Георгиевича, что его особенно возмутило. Судить о том, кто был прав, весьма трудно. У консула был богатый опыт разведывательной работы, а Корнилов упрямо доказывал правильность собственных методов. Тем не менее из штаба округа в адрес последнего пришло указание «улучшить сбор и проверку сведений о Кашгарии и всеми сведениями политического характера обязательно делиться с консулом».
Но Корнилов упрямо стоял на своем. Обидевшись, он подал рапорт о невозможности совместной работы с Петровским. Это было вполне в его духе: принципиальный до мелочей, он не терпел попыток «учить» его там, где он сознавал себя профессионалом. Вполне понятно, что дальнейшая работа Кашгаре в таких условиях стала невозможной.
Тем не менее командующий Туркестанским округом достойно оценил работу Лавра Георгиевича. Вернувшись в Ташкент, Корнилов получил свой первый орден – Станислава 3-й степени, чин подполковника и должность штаб-офицера для поручений при штабе округа. Он праздновал победу над своими недругами и завистниками. Но праздник был испорчен болезнью и другими причинами. Донимали усталость, болезнь глаз от яркого горного солнца и лёссовой пыли, а также недовольство из-за пристрастной, как казалось, критики его работы в качестве разведчика.
Орден Св. Станислава.
В июле 1901 года Корнилов вернулся в Ташкент, где издает собранные материалы в книге «Кашгария и Восточный Туркестан», напечатанной «средствами Туркестанского военного округа».
За работу в Восточном Китае он награжден орденом Св. Станислава 3-й степени и уже через месяц, 3 сентября 1901 года, согласно «секретному письму начальника Главного штаба командирован в пределы Персии».
Русскому Главному штабу требовались сведения о провинциях восточной Персии – Харасане и Сеистане. Россия на рубеже веков активно проникала в Персию, стараясь противостоять английскому влиянию, добиваясь выгодных условий для своей торговли и промышленности. Персия становится сферой влияния России и зоной ее интересов. Кроме того, Российская империя готовилась к постройке железной дороги через Персию и устройству порта в Шехбаре на побережье Персидского залива с «различными укреплениями и флотом».
Для выполнения очередной разведывательной задачи небольшой отряд Корнилова, состоявший из двух казаков и двух туркмен, должен был пройти по знойной пустыне, населенной воинственными племенами, почти четыре тысячи верст. При этом Лавр Георгиевич был обязан собрать военно-экономические материалы, составить карты Северной Персии, а также добыть исчерпывающие сведения о положении страны.
Эта экспедиция продолжалась семь месяцев. Лошадей у разведчиков почти не осталось, припасов крайне мало. Основной багаж составляли оружие, инструменты и дневники.
Путь из Сеистана до Мешхеда вдоль Афгано-Персидской границы был неимоверно тяжким. Отряд медленно продвигался через необъятное пространство раскаленных степей. Персы называли эту пустыню «Дашти-Наумед» – «степь отчаяния». Лишь немногие английские исследователи предпринимали неудачные попытки проникнуть в глубинные районы пустыни, поэтому на картах начала ХХ века почти вся «Дашти-Наумед» все еще была представлена большим белым пятном с надписью «неисследованные земли».