Золотой век Севера кончился для Магны со смертью его преемников Каракаллы и Александра Севера. В результате внешних нашествий и внутренних неурядиц, связанных с упадком рабовладельческого хозяйства, страна испытала серьезные экономические трудности. И больше всего от них пострадала Лептис Магна. Общественные здания приходили в запустение из-за отсутствия средств для поддержания их в порядке, и к 300 году многие из них превратились в руины. В 363 году Лептис подвергся нашествию варварских племен австуриан, которые, правда, не смогли преодолеть высокие гены города, но зато опустошили все его предместья. Горожане обратились за помощью к командующему римскими силами в Африке Роману. Тот направил к Лен-тису свои войска, но за избавление города от австуриан потребовал большое количество припасов и четыре тысячи верблюдов. Горожане не смогли выполнить этого требования, так как стада верблюдов угнали австурианс, и Роман бросил Лептис на произвол судьбы и варваров. Обращения за помощью к самому императору остались без ответа. Казалось, само небо разгневалось на Лептис Магну за ее прошлое величие и роскошь. Сильное землетрясение 365 года причинило городу непоправимый ущерб.
Летом 366 года австуриане вновь подступили к Лептису. На своем пути они вырубали оливковые деревья и финиковые пальмы, опустошали виноградники. Осада города продолжалась восемь дней, и вновь его спасли мощные стены. Однако главный источник доходов — оливковые деревья — был уничтожен. В результате в городе, население которого насчитывало во времена Септимия Севера 100 тысяч человек, осталось всего несколько тысяч жителей. Опустошенные варварами поля и плантации превратились в полупустыню, городские здания и сооружения ветшали и рушились. Обрушилась и отводная плотина в Вади-Лебда, и сдерживаемые ею воды залили центр города, неся с собой огромные массы ила, гальки, булыжника. К концу IV века Лептис Магна превратилась, по свидетельству очевидцев, в «полуварварский город».
В 455 году остававшиеся до сих пор целыми стены города были разрушены новыми пришельцами — вандалами, которые нанесли сокрушительный удар всей Римской империи. Вандалов сменили византийцы. Целый век бесконечных набегов и войн превратили Лептис в город-тень, где продолжали влачить жалкое существование всего несколько сот нищих — в руинах, окруженных песками. Аналогичная судьба постигла и другой некогда цветущий город — Сабрату. При византийском императоре Юстиниане I (527–565) были предприняты попытки восстановить оба этих города, хотя бы частично расчистив их от песков; были воздвигнуты новые стены, ограждавшие небольшую часть прежних центральных кварталов городов-горемык.
Во время нашей экскурсии по Лептису за нами всюду следуют три загорелых сотрудника города-музея, одетые в синие форменные костюмы с серебряными пуговицами и бордовые фески. Один из членов нашей делегации, художник, машинально поднял кусок белого мрамора, пытаясь разглядеть его поближе. Тотчас раздались предупреждающие свистки и окрики сторожей. Художник поскорей отбросил злополучный камень. Мы, конечно, почувствовали неловкость, но утешились мыслью, что сокровища Лептиса надежно охраняются.
Византийские стены Лептиса построены из цементных блоков и булыжников, взятых из руин эпохи Севера. Охватывая всего только Старый Форум, Форум Севера и район порта, византийская Лептис представляла собой на деле уже не город, а сильно укрепленную морскую верфь с небольшим гражданским населением. Для защиты от нападений пиратов с моря был укреплен восточный мол порта. Для восстановления зданий внутри крепости также использовали кирпичи и камни развалившихся старых построек. Архитектурное и инженерное выполнение восстановленных зданий свидетельствует о спешке.
Лучшими творениями архитектуры и инженерного искусства в Лептисе византийской эпохи являются интерьеры зданий, доставленных целиком из Константинополя.
Великолепная, вызывающая изумление Базилика Се вера, давно переставшая уже служить как общественное здание, была расчищена от песка и мусора и восстановлена как церковь Богоматери. Под церкви были переделаны и еще четыре бывших общественных здания Леи-тиса. Новая Лептис Магна представляла собой, однако, лишь тень былого великолепия, созданного в период расцвета торговли и рабовладения. По-прежнему она подвергалась нападениям племен пустыни. Транссахарская торговля приходила во все больший упадок: караваны не могли уже быть защищены должным образом, а некогда богатые промежуточные торговые центры были разрушены.