Схема компоновки танка Т-40С соответствовала его предшественнику Т-40 и вследствие амфибийных свойств «прототипа» отличалась от классической расположением двигателя и трансмиссии и предусматривала 5 отделений: трансмиссионное, управления, боевое, моторное и кормовое. Боевое отделение и отделение управления были совмещены и находились в средней части корпуса машины у левого борта. Справа от них располагалось моторное отделение. Трансмиссионное отделение находилось в носовой части корпуса.
В кормовом отделении по бортам корпуса размещались топливные баки. В средней части корпуса на шариковой опоре устанавливалась башня конической формы, смещенная от продольной оси танка к левому борту. Экипаж состоял из механика-водителя и командира танка, одновременно выполнявшего функции наводчика и заряжающего. Совместное расположение членов экипажа облегчало непосредственную связь между ними и их взаимозаменяемость. Посадка и выход экипажа производились через люки, расположенные в крыше отделения управления и башни, закрывавшиеся откидными броневыми крышками на петлях. В днище корпуса имелся аварийный (запасный) люк.
Броневая защита танка Т-40С была противопульная, изготовленная из листов цементированной брони толщиной 5, 9, 13 и 15 мм, установленных под рациональными углами наклона. Соединение броневых листов корпуса и башни производилось с помощью электросварки и частично болтами. В переднем лобовом листе корпуса перед механиком-водителем находился люк, закрывавшийся броневым щитком. Для наблюдения за полем боя и вождения танка в броневом щитке и боковых наклонных листах корпуса, слева и справа от механика-водителя, были сделаны смотровые щели, оборудованные триплексами. Над смотровыми щелями устанавливались броневые козырьки. В лобовом и боковых листах имелись амбразуры для стрельбы из личного оружия, закрывавшиеся броневыми пробками. Вентиляция отделения управления осуществлялась с помощью специального воздухопритока, сделанного в крышке механика-водителя и защищенного броневым прикрытием.
В нижнем лобовом листе корпуса имелось отверстие, закрытое броневой крышкой, для заводной рукоятки при пуске двигателя вручную. Съемными были сделаны подбашенный, надмоторный, лобовой и кормовой листы корпуса. Справа в надмоторном листе корпуса находился воздухоприток, закрытый броневым колпаком. В колпаке был сделан люк для обслуживания двигателя, закрытый откидной крышкой на петлях. В надмоторном листе располагался также лючок для заправки радиатора охлаждающей жидкостью. В верхнем кормовом листе корпуса была установлена коробка жалюзи, через которые выходил нагретый воздух от радиатора системы охлаждения двигателя, а также имелись два лючка для доступа к заправочным горловинам топливных баков.
В днище корпуса были сделаны лючки: один под двигателем – для слива масла, другой для слива воды из системы охлаждения двигателя и два лючка под топливными баками для слива топлива. Все сливные и заправочные лючки были закрыты броневыми крышками или пробками с резьбой.
В передней части башни имелась ниша прямоугольного сечения для монтажа маски и спаренной установки вооружения. Ниша закрывалась броневым щитом, укрепленным спереди на маске. К броневому щиту крепилась бронировка ствола пулемета ДШК (пушки ТНШ). Отверстие для прицела при необходимости могло быть закрыто поворачивающейся броневой заслонкой. Вентиляция боевого отделения осуществлялась через специальное отверстие вверху башни под маской, закрывавшееся броневой заслонкой. Справа и слева в стенках башни имелись смотровые щели с триплексами и отверстия для стрельбы из личного оружия, закрывавшиеся броневыми пробками. Над смотровыми щелями были установлены броневые козырьки. Крепление башни на шариковой опоре осуществлялось с помощью четырех захватов с роликами, скользящих по нижнему погону опоры. В крышке люка башни имелся лючок с броневой задвижкой, предназначавшийся для флажковой сигнализации.