Новый архиепископ, или, как уже в это время стали говорить, патриарх, носил имя Нестория. Он действительно был весьма видным проповедником в Антиохии и отличался строгой подвижнической жизнью. Став архиепископом столицы, он, кроме того, проявил себя как очень деятельный администратор. Несторий весьма активно боролся с различными ересями, хотя его руководящим принципом в борьбе с ними было постоянное обращение к светской власти. В одной из первых своих речей он, взывая к императору, воскликнул: «Дай мне вселенную, свободную от ересей, и я дам тебе Царство Небесное». Имея властный и беспокойный характер, Несторий с самого начала вступил в конфликт с жителями столицы, вверенной его пастырскому попечению. Население Константинополя уже в это время почитало Пресвятую Богородицу как покровительницу их города. Почитание Пресвятой Богородицы было давней церковной традицией, слово «Богородица» встречается уже у богословов III в., например, у выше упомянутого Оригена. Несторий решительно выступил против этого наименования Пресвятой Девы, говоря, что нельзя называть Богородицей ту, что родила человека. Жители Константинополя почувствовали, что это еретическое учение, и они не ошиблись, потому что здесь речь шла, конечно, не только о почитании Пресвятой Богородицы, но и о самом Христе Спасителе. Несторий в своем богословии разделял единого Христа-Богочеловека на две личности. Он говорил, что все евангельские речения о Христе нужно строго разделять на те, которые относятся к Богу, и те, которые имеют в виду человека. Бог живет в человеке Иисусе как в храме. Соединение Божества и человечества во Христе Несторий описывает в таких терминах, что получается соединение внешнее, не онтологическое, а только, так сказать, моральное соединение, подобно тому, как Бог живет в святых Своих, пророках, например. Именно так, хотя в совершенно особой степени, Бог, согласно Несторию, вселился и в человека Иисуса.
Это сказано в общих и, может быть, слишком заостренных чертах; возможно, учение Нестория было несколько тоньше, но оно было более или менее таково. И вот, когда это учение было сформулировано с Константинопольской кафедры, оно вызвало бурю негодования всей Вселенской Церкви. Почему это негодование вспыхнуло только в Константинополе, почему в Антиохии никто не обратил внимания на опасные тенденции Нестория? Дело в том, что Несторий вполне вписывался в ту среду, где вырос, он принадлежал к так называемой антиохийской школе и всего лишь доводил до крайности те тенденции, которые и раньше существовали у других богословов. Например, последующее суждение Церкви вскрыло такие же тенденции у двух виднейших антиохийских богословов — Диодора Тарсийского и Феодора Мопсуэстийского, эти имена мы должны запомнить. Диодор был епископом города Тарса в Киликии (родина святого апостола Павла), жил во второй половине IV в., Феодор был сверстником Иоанна Златоуста и его сподвижником одно время. Так что в Антиохии Несторий не обратил на себя внимания своими еретическими высказываниями, там он почитался православным. Но теперь он вызывает острое противодействие сначала своей собственной паствы, а затем в дело включается и александрийский архиепископ св. Кирилл. Св. Кирилл был племянником и преемником того самого Феофила, который вступил в конфликт со св. Иоанном Златоустом. Но дело, конечно, не в этом. Дело в том, что богословское видение Нестория и Кирилла оказалось диаметрально противоположным. Богословие св. Кирилла документировано очень хорошо. Сохранились многие его творения, в том числе составленные им еще до начала споров с Несторием, и мы можем говорить о внутренней цельности его богословия. Он не изменял себе, и острейшим образом реагировал на высказывания Нестория именно потому, что совершенно правильно узрел в них ересь.
Св. Кирилл начинает деятельную переписку. Он обращается к самому Несторию в весьма почтительных письмах, на которые Несторий отвечает с пренебрежением и полупрезрительно. Он обращается к императору, к царицам, т. е. к супруге и сестре императора (в это время уже правил новый император Феодосий II), обращается также в Рим. Кроме своего собственного анализа богословия Нестория, он отправляет в Рим текст проповедей Нестория, чтобы и там могли вынести объективное суждение. Со своей стороны, Несторий тоже вступает в переписку с Римом по этому вопросу и также отправляет туда свои проповеди.
Римский папа св. Келестин, или Целестин решительно встает на сторону св. Кирилла. Творения св. Кирилла, направленные против богословия Нестория, получают распространение, и, со своей стороны, тоже вызывают весьма неоднозначную реакцию, и не только потому, что богословское видение св. Кирилла решительно отличалось от позиций Нестория. Дело еще в том, что св. Кирилл в своих творениях пользовался некоторыми богословскими сочинениями IV в., которые имели еретическое происхождение, и это нуждается в более подробном изъяснении.