В одном из анафематизмов V Вселенского Собора упоминается Ориген, вернее, только его имя. Кроме того, в составе деяний V Вселенского Собора есть целый ряд документов, связанный с осуждением Оригена. Но, как доказывают современные историки, на самом деле осуждение Оригена произошло не на V Вселенском Соборе 553 года, но на поместном Константинопольском Соборе 543 года, деяния которого позднее были присоединены механически к деяниям V Вселенского Собора. В данном случае безразлично, какой Собор осудил учение Оригена, достаточно того, что в анафематизмах V Вселенского Собора он упомянут, т. е. осуждение, имевшее место в 543 г., подтверждается V Вселенским Собором. Кроме того, осуждение Оригена было подтверждено Церковью и впоследствии, скажем, на VI Вселенском Соборе, так что можно считать это церковное высказывание о его богословии вполне авторитетным. Как и в случае с Феодором Мопсуэстийским, здесь произошло посмертное осуждение, и уже одно это вызывало протесты.
Некоторые говорили, что у Церкви не было обычая осуждать посмертно тех, кто умер в мире с ней. Но на самом деле, если в некоторых местах, например в Риме, такого обычая, действительно, и не знали, то в других поместных Церквах посмертное осуждение, если еретик его заслуживал, считалось совершенно естественным (например, в таком духе высказывался блаженный Августин, один из западных отцов).
Мы, конечно, не должны думать, что главной целью обоих осуждений было на вечные времена отправить в ад Феодора и Оригена. Цель, разумеется, состояла не в этом. Феодор Мопсуэстийский был родоначальником несторианства, и его осуждение — не только его богословия, но и личное его осуждение — имело целью вразумить несториан, уведомить их, что упорствующие в ереси подпадут тому же осуждению, что и ее родоначальник. Именно такой смысл имело и осуждение Оригена, этого виднейшего богослова очень давнего времени III века. Ориген уже до этого неоднократно осуждался.
Первое осуждение его было еще при жизни и имело чисто канонические основания: покинув Александрию, где он имел церковное послушание, Ориген принял рукоположение в сан пресвитера в Палестине. После этого александрийский епископ его отлучил. Но учение Оригена сохраняло для многих свою привлекательность; в частности, в конце IV в. настоящим оригенистом, проводником учения Оригена, был известный аскетический писатель авва Евагрий. Евагрий, ученик св. Василия Великого, покинул Малую Азию и, после недолгого пребывания в Константинополе, обосновался в Египте, где создал первый опыт богословия подвижничества. Евагрий — единственный из отцов «Добротолюбия», который не именуется там ни святым, ни преподобным, и это по той причине, что он был осужден церковью как оригенист. Но осуждение Вселенским Собором последовало не сразу, и его оригенистские взгляды нашли широкое распространение среди монашества, особенно в Палестине. Именно против этих монахов-оригенистов и направлены деяния Константинопольского Собора 543 г. Этим Собором, как и V Вселенским, руководил сам Юстиниан, который в своем послании константинопольскому патриарху Мине дал его подробную программу и проект анафематизмов учению Оригена. Эти анафематизмы были переработаны Собором и изданы как соборные определения, а затем включены в деяния V Вселенского Собора.