Во главе Собора сидел император, который председательствовал на большинстве заседаний Собора. Если не было императора, то совместное председательство брали на себя четыре его чиновника. По левую руку императора, т. е. с правой стороны, сидели на почетных местах представители римского папы и другие сторонники учения о двух волях во Христе. По правую руку сидели первоиерархи, защищавшие учение о единой воле во Христе. Заседания Собора происходили в так называемой Трулльской палате императорского дворца. Почему-то изредка этот Собор, VI Вселенский, называется Трулльским, но его ни в коем случае не следует смешивать с собственно Трулльским Собором, который заседал в той же палате через 10 лет, и о котором мы позже будем говорить. Хотя и было понятно, что император желает дать перевес учению о двух волях во Христе, однако же, на заседаниях происходили дискуссии, и поначалу никто не сидел, так сказать, на скамье подсудимых (обычно подсудимые на соборах помещались в середине зала). И только под конец, когда картина прояснилась, был отлучен от Церкви патриарх Антиохийский, до конца оставшийся верным монофелитскому учению, и один из его последователей. Все прочие участники Собора, даже если они поначалу разделяли воззрения монофелитов, по ходу его перешли на православную сторону. Сохранились подробные записи деяний Собора, так что мы можем себе представить основное направление событий.
Подавляющее большинство отцов Собора не желало разделять воззрения Рима на значение римской кафедры, и вовсе не ограничилось пассивным присоединением к римским решениям. Эти последние были подвергнуты рассмотрению отцами Собора так же, как и прочие представленные документы. Результатом было, с одной стороны, издание вероопределения Собора, которое утверждало православное учение о двух энергиях и двух волях во Христе; а с другой стороны — осуждение еретиков. Кроме двух названных, осуждению подверглись несколько восточных патриархов: Сергий и другие. Их осуждения требовал Рим. Но кроме восточных первоиерархов, осудили и римского папу Гонория. Этого Рим, разумеется, не требовал. Но хотя осуждение Гонория бросало тень на римскую кафедру, пришлось согласиться и с ним, дело представлялось и той и другой стороне, и Константинополю и Риму, совершенно бесспорным. Только некоторые из близких по времени к Собору римских пап пытались несколько смягчить это осуждение Гонория. Не отвергая в принципе осуждения, признавая Гонория анафематствованным, они, однако же, пытались доказать, что он не был сознательным еретиком, а всего лишь впал в ересь по некоему небрежению.
Таковы, вкратце исторические события, связанные с VI Вселенским Собором. Это — последний христологический Собор. Христологическими считаются Соборы с III по VI Вселенский включительно. И хотя последующий период, период иконоборчества, также тесно связан с христологическим богословием, но спор о святых иконах есть все же нечто новое. Довольно скоро после Собора, в 685 г., Константин IV умер (в возрасте 33 лет). На престол вступил его сын, Юстиниан II.
Юстиниан II был одаренным императором, но уже само его имя, которое напоминало о великом царствовании Юстиниана I, таило в себе некоторый соблазн — подражая своему великому предшественнику, быть ничем не ниже его. И, действительно, Юстиниан II — это император, отличавшийся крайним властолюбием, и еще до конца своего царствования ставший настоящим тираном. Однако это случилось уже после тяжелых испытаний, уготованных ему его врагами. Первые же годы царствования Юстиниана II были более спокойными и плодотворными. В это время произошел Трулльский собор, тот самый собор, который преимущественно и называется Трулльским. Он состоялся в Константинополе, в той же самой зале императорского дворца, что и VI Вселенский Собор. Он был еще более продолжительным, чем VI, и заседал с 1 сентября 691 г. до 31 августа 692 г. (!), т. е. ровно год. Собор объявил себя Вселенским; фактически же, он таковым не являлся, потому что на нем никак не был представлен папский престол, а что касается восточных патриархатов — Александрийского, Антиохийского и Иерусалимского — они в это время, находясь под мусульманским владычеством, уже не могли сохранять за собой прежнее значение в церковной жизни.