В то же время противников деятельности свв. братьев в Моравии было очень много, и они оказывали постоянное давление на римских пап. Св. Кирилл был вынужден бороться за свою моравскую Церковь. Именно для того, чтобы защитить моравскую Церковь от нападений германского духовенства, он прибыл в Рим, где умер в 869 году. С ним вместе был в Риме его брат св. Мефодий. В тот момент римские папы благосклонно отнеслись к миссии свв. братьев, и св. Мефодий, похоронив брата, принял посвящение в епископа, став архиепископом Моравии и Паннонии. Было принято решение создать эту большую архиепископию на той территории, где свв. братья устраивали Церковь.
На обратном пути св. Мефодий попал в плен к баварцам и был заключен в тюрьму. Рим через некоторое время выступил в его защиту, и после того, как Рим сказал, что немецкие епископы будут отлучены, если немедленно не отпустят св. Мефодия, он был отпущен.
Одно время Рим даже согласился на применение славянской азбуки для записи славянских текстов. Уже это было чрезвычайно большой уступкой, потому что обычно на Западе, хотя и разрешались записи различных текстов, в том числе и молитв, на национальных языках, но при этом требовалось, чтобы записи всегда делались латинскими буквами. Св. Кирилл изобрел совершенно оригинальный славянский алфавит, в котором наряду с буквами греческого алфавита использовал буквы некоторых восточных языков для обозначения звуков, которых нет в греческом. Этим славянский алфавит выгодно отличается от использования латинского алфавита для языков, фонетически далеких от латыни. В английском, немецком, да и французском языке приходится делать ужасные сочетания согласных для выражения звуков, которых не было в латинском языке. Этого нет в славянском языке, где алфавит в точности соответствует фонетике.
Рим, однако, долго сопротивлялся возможности совершения богослужения на славянском языке. Здесь в свое время Рим должен был пойти на уступки. В 880 году папа Иоанн VIII, наконец, разрешил богослужение на славянском языке. В 885 году умер св. Мефодий, и вскоре моравские князья изменили направление своей политики. Племянник Ростислава Святополк пошел на сближение с немцами, и ученики свв. братьев были изгнаны из Моравии. Они продолжали свою миссию среди южных славян. Но в западной Церкви почти до нашего времени сохранялось славянское богослужение. Была некоторая часть католиков-хорватов, которые сохранили богослужение на церковнославянском языке, причем для записи этих текстов у них было богослужение западное, западная месса, но не на латинском языке, как у всего остального католического мира, а на церковнославянском языке, причем они пользовались не нашим кириллическим славянским алфавитом, а тем алфавитом, который был изобретен свв. первоучителями славян — глаголическим алфавитом, более древним и более оригинальным по начертанию букв. А ныне вошедший во всеобщее употребление кириллический алфавит — это алфавит, возникший уже в южных славянских землях, куда переселились ученики свв. Кирилла и Мефодия и где уже существовала традиция пользоваться для записи славянских текстов греческими буквами. Поэтому алфавит, который мы называем кирилловским, ближе к греческому, чем глаголический. Несмотря на то, что дело свв. Кирилла и Мефодия не привилось в Моравии, они создали церковный язык и, можно сказать, церковную культуру всего православного славянства, и язык Кирилла и Мефодия — это то, что ныне объединяет всех православных славян: русских, украинцев, белорусов, болгар, сербов.
После того как началась миссия свв. братьев в Моравии, почувствовали необходимость принять христианство также и болгары. Однако в то время как Моравия обратилась для утверждения в ней христианства к Византии, Болгария, напротив, обратилась к франкам, для чего болгарский князь Борис отправил посольство. Византия не могла допустить, чтобы соседняя Болгария вошла в сферу влияния франкской империи, поэтому Византия сделала очень внушительную военную демонстрацию у границ и берегов Болгарии. В результате этой демонстрации силы болгарский князь Борис уступил. В 864 году он принял христианство от Византии, причем в крещении он принял имя Михаила, тогдашнего византийского императора, который, как это было принято, выступил его восприемником при крещении. Сразу после этого греческий клир приступил к просвещению Болгарии под руководством патриарха Фотия. Крещение Болгарии имело следствием не только очень большой прогресс в ее духовном развитии, но и окончательное решение этнической проблемы, потому что Болгарское государство было основано восточным народом (булгарами), захватившим целую группу славянских племен. Принятие христианства болгарами означало окончательную славянизацию этой верхушки болгарского общества, и те, кто противился христианизации, противились и славянизации. Такие попытки князю Борису (Михаилу; он причислен к лику святых) пришлось пресечь самым решительным образом.