Ленин опасался, что из рядов армии поднимется новая волна агитации против советской власти. Людендорфу же было важно предотвратить любое движение русской армии. Для поднятия авторитета большевиков в массах Ленину надо было показать — по контрасту со всеми предыдущими правительствами, — что их власть не только принимает резолюции, но может их осуществлять.
Без этого декрет о мире не мог дать Ленину желаемого результата.
Главнокомандующим в армии стал генерал Духонин; при Керенском он был начальником штаба и после исчезновения Керенского принял на себя обязанности Верховного главнокомандующего. 20 ноября Совет народных комиссаров отправил Духонину распоряжение предложить всем воюющим странам немедленное перемирие. Не получив от него никакого ответа до вечера 21 ноября, рано утром 22 ноября Ленин установил с ним прямую связь.
Духонин отвечал, что только центральная правительственная власть при поддержке армии и нации может начать переговоры о мире и что Ставка не имеет права этого делать. Он добавил также, что, по его мнению, в интересах России заключить как можно быстрее общий мир. Ленин расценил ответ Духонина как отказ выполнять распоряжение народных комиссаров и отстранил его от должности. Новым Верховным главнокомандующим назначили Крыленко, имевшего чин прапорщика, — низший офицерский чин. Тут же Ленин направил по телеграфу обращение ко всем полковым, дивизионным, корпусным, армейским и другим комитетам, а также ко всем солдатам революционной армии и матросам революционного флота. Он объявил, что Духонин отказался подчиняться распоряжениям правительства и его поведение несет «неслыханные бедствия трудящимся массам всех стран и в особенности армиям».
Таким образом Ленин снял ответственность за незаключенный до сих пор мир с Совета народных комиссаров и переложил ее на Духонина. В то же время он предложил солдатам действовать самостоятельно:
«Пусть полки, стоящие на позициях, выбирают тотчас уполномоченных для формального вступления в переговоры о перемирии с неприятелем».
На следующий день советское правительство обратилось к представителям нейтральных стран с предложением, чтобы они официально известили правительства враждебных государств о готовности России незамедлительно заключить перемирие и приступить к мирным переговорам.
27 ноября был получен ответ германского главнокомандующего, соглашающегося на конференцию по перемирию. Совет народных комиссаров сразу же обратился к союзникам с вопросом: готовы ли они начать в декабре мирные переговоры с четырьмя Центральными державами? Одновременно Крыленко с отрядом матросов отправили в Могилев, где размещалась Ставка, поставив перед ним задачу предпринять решительные действия. 3 декабря его отряд занял Могилев. Генерал Духонин был зверски убит матросами, когда садился на поезд, чтобы отправиться в Петроград. 5 декабря в Брест-Литовске было подписано соглашение, согласно которому военные действия между Россией и австро-германскими силами приостанавливались на 10 дней. Мирные переговоры возобновились 13 декабря, а 15 декабря было подписано соглашение с Центральными державами о перемирии до 14 января 1918 года.
7 ноября, в день свержения Временного правительства, в своей речи на заседании Петроградского совета Ленин сказал: «В корне будет разбит старый государственный аппарат и будет создан новый аппарат управления в лице советских организаций».
Перед большевиками встала задача получить командные посты в министерствах. Вначале большевики столкнулись с забастовкой гражданских служащих, но они сумели достаточно быстро сломить сопротивление старых служащих или поставить на их места новых. Конкретные задания выполнялись очень быстро, — например, Комиссару по иностранным делам Троцкому с помощью матроса Маркина всего за несколько дней удалось разобрать тексты секретных соглашений с союзниками в бывшем министерстве иностранных дел (вскоре их опубликовали). Но конечно, в разгар господствовавшего в стране экономического и административного хаоса, функции работников центрального аппарата были сведены к минимуму.