Обеспокоившись, чтобы такое не повторилось, Лэндис встретился с генеральным менеджером команды Phonak Анди Рихсом и обсудил с ним планы на «Тур де Франс» 2006 года, а также пути их достижения. Шумный здоровяк Рихс был одним из самых богатых людей в Швейцарии и успешным бизнесменом. На той встрече Лэндис сказал Рихсу, что чувствует в себе силы победить в «Тур де Франс», но он ждал помощи от команды, которой следовало бы перенять опыт US Postal, а значит, иметь организованную допинговую программу. В прошлом сезоне Лэндис справлялся сам, но это требовало слишком много нервов, времени и денег. Дальше так продолжаться не могло. Он спросил Рихса, станет ли тот финансировать допинговую программу для команды. Рихс согласился.
Лэндис думал нанять врача Эуфемиано Фуэнтеса, у которого была своя допинговая клиника в Мадриде. В июне того года Фуэнтес оказался в центре крупнейшего допингового скандала со времен дела команды Festina. В его клинике, которая располагалась в переделанной квартире престижного жилого здания, испанская полиция совершила обыск в рамках расследования «Операция “Пуэрто”». Доктор Фуэнтес был застигнут врасплох, и в клинике обнаружили пакеты с плазмой и кровью многих профессиональных велогонщиков из европейского пелотона. Большинство велосипедистов подписывали пакеты кодовыми словами, но до профессиональных конспираторов им было далеко, и следователи быстро все расшифровали, сверившись с их псевдонимами в социальных сетях. Кто-то использовал имена своих домашних животных. В ходе расследования были задержаны две большие звезды профессионального велоспорта: Ян Ульрих и Иван Бассо. Нашли также факс, отправленный Фуэнтесом жене Тайлера Хэмилтона – Хейвен Парчински, в котором было указано, сколько Хэмилтон заплатил и сколько был еще должен за услуги Фуэнтеса.
В результате проведенной операции многих высококлассных спортсменов временно отстранили от участия в соревнованиях, а это значительно повышало шансы Лэндиса выиграть «Тур де Франс». Некоторые любители велоспорта теперь считали фаворитом гонки именно его.
Американцы о Флойде Лэндисе знали сравнительно мало. Лишь в конце июня 2006 года перед самой гонкой некоторые журналисты начали писать о нем. Дэниэл Койл взял у Лэндиса большое интервью для New York Times Magazine, в котором огромное внимание уделялось предстоящей спортсмену операции на бедре. Тем не менее между строк читались предположения, сможет ли кто-то из американцев занять место Армстронга. Лэндис был назван «новой надеждой американцев». О недавно разгоревшемся в Европе крупном допинговом скандале практически ничего не говорилось.
«Тур де Франс» начался для Лэндиса отвратительно. Он не явился вовремя на старт «разделки». Часы тикали. «Бип, бип, би-и-и-и-и-п!» Лэндиса нет. Вдруг он появился и со всех ног побежал на стартовую линию с велосипедом. У него спустило колесо прямо перед выходом. В таких случаях поблажек никому не делается, и Лэндис потерял драгоценные секунды.
Он смог реабилитироваться на второй гонке с раздельным стартом, в которой пришел вторым, и передвинулся на верхние позиции в общем зачете. На одиннадцатом этапе гонка наконец-то переместилась в горы, и Лэндис оказался в лидерах небольшой группы. Лучший горный велогонщик Майкл Расмуссен сделал сильную атаку на последнем подъеме, чтобы помочь своему товарищу по команде Денису Меньшову. Лэндис не отставал. Рядом с ними ехал Леви Лайфаймер, бывший участник команды US Postal, который теперь работал на немецкую команду Gerolsteiner. Вершину атаковали уже только Лэндис, Меньшов и Лайфаймер. Лэндис знал, что ему достаточно просто удержаться на колесе Меньшова. Выигрывать этап он не собирался – важно было только время, но в итоге сил ему хватило даже на то, чтобы выиграть этап.
Когда Лэндису вручали желтую майку лидера на вершине горного перевала, неподалеку стоял Армстронг, который наблюдал за происходящим в качестве зрителя и акционера команды Discovery Channel. Позже за ужином один из членов команды Phonak сказал Лэндису кое-что неприятное. Армстронг предложил 20 тысяч долларов любому велогонщику, который сможет помешать Лэндису победить. Он не понял, то ли Армстронг хотел его запугать, то ли пудрил ему мозги, то ли угрожал всерьез. Он решил не выносить эту новость за узкий круг велогонщиков, которые присутствовали на ужине, и не рассказывать об инциденте ни Международному союзу велогонщиков, ни журналистам.
Следующие несколько дней Лэндис то завоевывал, то терял лидерство. Основную борьбу он вел с испанцем Оскаром Перейро. На тринадцатом этапе Лэндис отстал и упустил возможность выйти в победный отрыв. Теперь он отставал от Перейро на 1 минуту и 29 секунд. На пятнадцатом этапе Лэндису удалось вернуть лидирующие позиции и желтую майку лидера. Держался очень уверенно; казалось, что он не снимет желтую майку лидера до самого Парижа.