Помимо этих тетрадей, у Леонардо были отдельные тетради для конкретных тем: оптики, механики, гидротехники и др. И в этом случае системы он не придерживался: материал тематически подобран, но не выстроен в определенном порядке. Он просто переносил заметки из тетрадей, в которых были собраны его более детальные разработки, в тетради, отведенные для отдельных научных дисциплин, исправляя и дополняя первоначальные записи и рисунки. До нашего времени сохранилась тетрадь, посвященная вопросам оптики (специалисты относят ее к 1480—1490-м годам), часть тетрадей по механике и гидромеханике. Леонардо, как мы уже говорили, не занимался каким-либо одним вопросом, интересовавшим его, – он занимался всеми вопросами одновременно. Работая над проблемами оптики и механики, Леонардо сталкивался с рядом тем, связанных с этими науками. Так, изучение законов оптики привело его к вопросам строения глаза, следовательно, к медицине и биологии. Поиск решения задач в механике – через сопротивление материалов – к математике. В этих науках находились точки соприкосновения с другими. В тетрадях появляются зарисовки различных растений – цветов, листьев, корней, затем следуют исследования почв, эта тема является отправной к изучению строения земли, т. е. геологии. Круг вопросов расширялся, и Леонардо, возможно, неосознанно стремился объять необъятное, получить некую целостную систему знаний обо всем.
Он и собирался это сделать, объединив все свои записи одной, руководящей идеей. Неизвестно, удалось ли ему выполнить задуманное, не исключено, он не успел это сделать, возможно, его сочинения просто не дошли до нашего времени – сохранились упоминания современников Леонардо о его хорошо известных трактатах по механике и перспективе, составленный им ряд планов окончательного расположения материалов, а в записях – ссылки на главы и параграфы уже законченных частей трудов. Но эта работа если и была завершена, то значительно позже миланского периода его жизни. В Милане Леонардо-художник и Леонардо-инженер в основном занимался оптикой и механикой.
Джорджо Вазари в биографии Паоло Учелло рассказывает: «Паоло почти все ночи напролет проводил в мастерской за поисками законов перспективы, а когда его звали спать, отвечал: “О, какая приятная вещь эта перспектива”». Каждый итальянский художник, а особенно флорентийский, изучал законы перспективы, без которой не передать объема в живописи. Леонардо добавил к теории перспективы учение о свете, о его переходах к тени и изменении в различных условиях. Это было началом его изучения оптики, причем физика и биология, как всегда бывало, когда он брался за один вопрос, содержащий в себе многие другие, очень тесно переплелись. Да Винчи стремился понять, как человек видит, каким образом он воспринимает все видимое, как распространяется, преломляется в различных средах свет.
Литература по этому вопросу даже в те времена была довольно обширной. Фацио Кардано помогал да Винчи добыть тот или иной трактат. Но в книгах Леонардо не находил ответов на многие вопросы, и то, что он читал, не удовлетворяло его – нечетко и неясно изложено, оторвано от реальности. Столкнувшись в очередной раз с несовершенством, он стремился досконально разобраться во всем сам. Леонардо начал с глаза – написано об этом было немало, но сбивчиво, разрозненно, многие сведения и утверждения сомнительны. Для того чтобы понять, как и почему видит человек, да Винчи занялся анатомией глаза – другого способа просто не было. Леонардо разрезал глазные яблоки, изучал их строение, зарисовывал. Возможно, многие открытия ему помогла сделать интуиция художника – мысль, облеченная в рисунок, становилась более четкой, реальной. Результатом этих исследований стала теория зрения. Конечно, в чем-то Леонардо ошибся, ему было трудно справиться с довлевшим авторитетом ученых, но все-таки его теория очень близка к современной, а разработанная им теория двойного преломления света, происходящего в глазу, впервые в науке того времени верно воспроизвела процесс зрения.
За многочисленными зарисовками строения глаза, сделанными в миланских тетрадях, последовали наблюдения за ходом лучей, проходящих через отверстия различной формы и величины. Леонардо работал с камерой-обскурой. Эксперименты с камерой проводили многие исследователи и до него, но он был единственным, кто подверг результаты эксперимента детальному теоретическому анализу В ходе исследований да Винчи столкнулся с проблемой стереоскопичности. Он впервые объяснил, почему, когда смотрят двумя глазами, получают объемное изображение, в то время как один глаз видит только плоскую картину. Здесь ученый снова становится художником.