К этому периоду жизни Леонардо относятся одни из первых схематических анатомических зарисовок поперечных срезов ноги. Леонардо считал анатомические зарисовки основой изучения строения человеческого чела. В своих записях Леонардо рассказывает о количестве проведенных нм вскрытий, об условиях, в которых ему пришлось работать, и о необходимости владения рисунком, знаниями геометрии, представлениями перспективы, о необходимости быть прилежным. Он писал: "И если скажешь, что лучше заниматься анатомией, чем рассматривать подобные рисунки, ты был бы прав, если бы все эти вещи, показываемые в подобных рисунках, можно было наблюдать на одном челе, в котором ты, со всем своим умом, не увидишь ничего и ни о чем не составишь представления, кроме разве как о нескольких немногих жилах, ради которых я, для правильного и полного понятия о них, произвел рассечение более десяти трупов, разрушая все прочие члены, вплоть до мельчайших частиц уничтожая все мясо, находившееся вокруг этих жил, не заливая их кровью, если не считать незаметного излияния от разрыва волосных сосудов; и одного трупа было недостаточно на такое продолжительное время, так что приходилось работать последовательно над целым рядом их, для того чтобы получить законченное знание, что повторил я дважды, дабы соблюсти различия. И если даже ты имел бы любовь к предмету, тебя, быть может, отшатнуло бы отвращение, и даже если бы не отшатнуло оно, то, может быть, тебе помешал бы страх находиться в ночную пору в обществе подобных разрезанных на части, ободранных, страшных видом своим мертвецов. И даже если это не помешало бы тебе, быть может, будет недоставать тебе точности рисунка, необходимой в подобных изображениях. И если бы ты овладел рисунком, у тебя не было бы еще знания перспективы, и даже если бы рисунок и сопровождался знанием последней, то требовался бы еще строй геометрических доказательств и метод расчета сил и крепости мышц".
Здесь следует упомянуть, что многие качества, обязательные для художника, которых упомянул Леонардо да Винчи, прежде всего были присущи ему самому.
Предпочтение рисунку в изучении анатомии отражено в одной из дневниковых записей Леонардо: "…я человек без книжного образования… не будучи словесником, я не смогу хорошо сказать то, о чем хочу трактовать".
Как мы узнаем позже, в 1492 г. Леонардо да Винчи покинул Флоренцию и перебрался в Милан. В дальнейшем он уделял большое внимание пространственной конструкции сюжета картин, когда его не столько интересовали передача цвета или изображение контура, сколько создание эффекта трехмерного пространства. Этот метод был использован впоследствии при анатомических зарисовках — Леонардо показывал объект с четырех сторон.
Многопроекционное изображение частей человеческого тела впервые было воспроизведено Леонардо и использовано в дальнейшем другими анатомами. Однако его рисунки в течение многих лет были неизвестны, а "отцом анатомии" считали Везалия (1514–1564). В медицинском учебнике "О строении человеческого тела" (1543) Везалий использовал тот же принцип многопроекционного представления частей тела человека, что и Леонардо да Винчи.
По мнению искусствоведа Роберта Уоллеса, до Леонардо представители медицины мало интересовались анатомическими рисунками, а многие из них даже вовсе отвергали их необходимость на страницах книг, считая, что они отвлекают студентов от текста. Но все рисунки Леонардо были настолько ясны и убедительны, что никто больше не смог отрицать их значения в преподавании медицины и анатомии. По сей день анатомические рисунки в учебниках анатомии воссоздают по принципу, предложенному Леонардо да Винчи. А его желание написать "Трактат по анатомии", к сожалению, так и осталось нереализованным…
Плодотворно занимаясь секционной работой и зарисовкой различных частей тела, Леонардо да Винчи считав тело человека и животных совершенством природы, отдавая ей приоритет в создании плоти: "Хотя бы ум человеческий и делал различные изобретения, различными орудиями отвечая одной цели, никогда он не найдет изобретения более прекрасного, более легкого и более верного, чем изобретения природы, ибо в ее изобретениях нет ничего недостаточного и ничего лишнего. И не пользуется она противовесами, когда делает способные к движению члены в телах животных, а помещает туда душу…" Тем не менее, будучи человеком верующим, Леонардо писал далее: "…неприкосновенным оставляю Священное Писание, ибо оно — высшая истина". А о сердце написал так: "Чудесное орудие, изобретенное верховным художником".