Определение Синода опечалило и возмутило Ксенофонта. Он увидел в этом «незаконном» поступке «превышение власти». Не отрицая заблуждений Толстого, Ксенофонт не признает права Синода судить Толстого, видит здесь попытку свести счеты с опасным и влиятельным еретиком поддавшимся «дурным страстям» пастырям. В письме сестре из Афона он так логично и последовательно излагает свою позицию: «Дело Синода блюсти за Церковью, то есть наблюдать, чтобы духовенство вело себя пристойно… и воздерживалось бы от злоупотреблений; клясть и поносить людей за то, что они мыслят иначе, чем прочие, не входит в круг деятельности Синода; Синод лишь может увещевать. Если хотят осудить и заклеймить религиозные толкования Толстого, должны собрать собор и притом выслушать его объяснения, а не заочно решать, как Римские папы. Впрочем, кто не знает, что здесь играют роль личные страсти, оскорбленное самолюбие. Толстой — обличитель, ловко подмечивает темные стороны святейших и колко их осмеивает, вот за это-то его и ненавидят, а это дурно! В сущности, Толстой глумится вовсе не над таинствами и не над Православием, а над тупым и плоским пониманием этих таинств, над предпочтением людей к букве закона в ущерб вере… Своим объявлением Синод уронил себя во мнении всех мыслящих людей, а я об этом соболезную».
Неистовые проповеди Иоанна Кронштадтского (некоторое время Ксенофонт был его поклонником), ругань, поношение Льва Толстого вызвали гнев схимонаха. Потрясла его проповедь «Отношение интеллигенции к духовной жизни. Слово в день тезоименитства благочестивейшей государыни императрицы Александры Федоровны». Он недоумевал, как может «так ругательски ругаться» пастырь, «коего в России почитают за праведника, за чудотворца»: «Бывало, святые терпели хуления, поношения, гонения и мучения; а теперь сами святые хулят, поносят и ругаются по-площадному, — о, ужас! о, позор! Да, трудно не поколебаться в вере теперь, когда от пастырей Церкви вместо поддержки видишь один соблазн! Иван Кронштадтский последователей Толстого прямо зовет свиньями. Неужели злоба и зависть так охватила души наших современных фарисеев, что уж они позабыли всякую пристойность».
Ксенофонт видит в этой «глупой», гордой и строптивой речи «российского чудотворца» «образец пустословия», «неистовый донос», голословные обвинения, колоссальное самомнение и превозношение, выражение презрения науке и образованию. Никак не ожидал он такого от «человека, которого раньше знал и уважал», «почитал, считал благочестивым, считал христианином». Сестре, вступившейся за пастыря, Ксенофонт отвечает, усиливая до шаржа и карикатуры свою критику, используя слухи и недоброжелательные отзывы о «чудотворце», которых было много (они, в частности, получили художественно-памфлетное преломление в рассказе Лескова «Полуношники»): «Это человек совсем не простой, как ты пишешь, он кончил курс в Духовной Академии магистром, он
Розанов, которому во многом были симпатичны личность и деятельность Иоанна Кронштадтского, пытался объяснить необычайную резкость, неистовость, грубость его выступлений против злостного еретика Толстого тем, что «не он сам, но другие побудили его сказать свое мнение о Льве Толстом… чтобы заручиться этим мнением, как некоторою „