Ноябрь в России и всегда-то время тоскливое, промозглое, тревожное. Ноябрь 1906 года выдался особенно мрачным: дул сильный ветер, низко нависали облака, целыми днями шел дождь со снегом (не яснополянская, а типично петербургская погода из «Двойника» и «Записок из подполья» Достоевского). Мария Львовна, возвращаясь из деревни, жестоко простудилась. Болезнь развивалась стремительно, она буквально в несколько дней сгорела. Страха смерти Мария Львовна не испытывала, во всяком случае, скрывала его от родных. Перед смертью сказала отцу: «Я счастлива, что умру раньше тебя, так как, как бы то ни было, а твою смерть я бы не пережила». Последние часы Толстой был рядом, боясь что-либо упустить в эти, как он веровал, самые важные мгновения человеческой жизни; записал в дневнике: «Она сидит обложенная подушками. Я держу ее худую милую руку и чувствую, как уходит жизнь, как она уходит. Эти четверть часа — одно из самых важных, значительных времен моей жизни». И еще с некоторым мистическим и очень толстовским видением смерти: «Смотрел я всё время на нее, как она умирает: удивительно спокойно. Для меня — она была раскрывающее перед моим раскрыванием существо».
Похоронили Марию Львовну на кладбище, где покоились другие Толстые. Гроб несли долго, через всю деревню. Выбегали из домов люди — все любили сердобольную дочь Толстого. А он простился с Машей раньше, у каменных столбов, один пошел домой по прешпекту. Илья Львович посмотрел ему вслед: отец шел по тающему мокрому снегу частой старческой походкой, резко выворачивая носки ног. Не обернулся он ни разу. Толстой простился с самым дорогим и близким существом. Он с большим трудом сдерживал рыдания. Но надо было держаться, уже без Маши. Часто повторял с грустью последние годы: «Если бы Маша была жива…», «Если бы не умерла Маша…»
С сыновьями у Толстого таких близких, сердечных отношений не было. Он держался с ними нередко настороженно и подозрительно. Михаил Сергеевич Сухотин записал состоявшийся в феврале 1907 года разговор с Толстым по секрету и в запертом кабинете: «Спросил, не завидуют ли мне мои дети? Затем стал говорить, что, кроме сына Миши, все его сыновья имеют к нему дурное чувство зависти. Я ему доказывал, что если такое чувство у кого и есть, так только у Левы, который имеет основание испытывать jalousie de métier, прочие же, напротив того, должны иметь поползновение хвастать своим знаменитым отцом и украшать свое ничтожество его именем. Но Л. Н. стоял на своем».
Мудрая и неизменно правдивая, справедливая, ровно относящаяся ко всем Татьяна Львовна в письме к только что овдовевшей жене брата Михаила, возможно, лучше всех охарактеризовала взаимоотношения отца и сыновей: «Я часто думаю о том, что папа был несправедлив к своим сыновьям… и сыновья не сделали достаточно энергичных усилий, чтобы сквозь всё, что их отделяло от отца, пробить себе дорогу и поближе подойти к нему. И у каждого была своя личная жизнь, которая его поглощала. Любящее сердце отца ответило бы на всякую попытку сближения. Может быть, была и некоторая робость со стороны сыновей. Слепая история решила, что они все были против отца, что совершенно неверно. Только Лева выступал против него. Даже Андрюша, который был иных убеждений, никогда не осуждал и не критиковал отца. Сережа, Илья и Миша были, в сущности, близки ему по взглядам и, если не соглашались с ним во всем, то во всяком случае глубоко уважали его. И разве может взрослый мыслящий человек слепо пойти за другим, даже если он и значительнее его? Для этого надо быть тупым „толстовцем“, чем мои братья не могли быть».