Известность Кокоринова и доверие к нему Шувалова определяют назначение унтер-архитектора (ранг, полученный зодчим в 1745 году) архитектором Академии художеств, а в дальнейшем редкие организаторские способности обеспечивают ему фактическое руководство Академией. Это положение было поддержано женитьбой Кокоринова на богачке Демидовой. С 1765 года Кокоринов единолично ведет работы по строительству нового здания Академии, утверждается профессором архитектуры. В 1767 году он уже адъюнкт-ректор, а в 1768 году — ректор Академии. Портрет кисти Левицкого, занявший почетное место в зале заседаний академического Совета, завершал апофеоз архитектора, но, как оказалось, и его жизнь. В 1772 году Кокоринов повесился на чердаке только что законченного им здания Академии трех знатнейших художеств. Архитектору было сорок шесть лет.
Психический сдвиг, минутное помутнение сознания или вообще ни на чем не основанные сплетни, как на том настаивают некоторые историки искусства, — самоубийство всегда тревожный сигнал какого-то неблагополучия, так надо ли его допускать в ранние и удачнейшие годы Академии? В конце концов, академические документы, подобно церковным записям, называют причиной смерти «водяную болезнь». Но совершенно также самоубийство всегда слишком поражает воображение окружающих, чтобы остаться незамеченным или забытым. Болезнь — но ведь всякий намек на самоубийство лишал ректора Академии, человека слишком высокого чиновничьего ранга, похорон по церковному обряду. Такого скандала надо было любой ценой избежать.
Нет, современники говорили об иной причине, уже несколько лет отравлявшей жизнь ректора: нелады с Бецким, ведшие не только к постоянным придиркам, оскорблениям недоверием, бесконечным ревизиям на строительстве. Самая тщательная проверка не смогла обнаружить ничего, кроме мелких неточностей в отчетах, которые никак нельзя было превратить ни в злоупотребление, ни в способ наживы. Главным было постепенное отстранение Кокоринова от собственно академических дел, которые стали частью его жизни и творческой деятельности.
Кокоринов борется за первых русских преподавателей живописи, ради которых готов переиначить весь академический штат. Саблуков, Головачевский, Рокотов благодаря нему ведут первые академические занятия по живописи, но все их продвижение и успехи связаны только с годами шуваловской Академии. В 1763 году назначается президентом Бецкой, в 1767 году под разными предлогами и без предлогов оставляют свои должности и уезжают из Петербурга Саблуков и Рокотов. Саблуков ссылается на болезнь легких, которая не помешает ему продолжить преподавание в Харькове. Академические документы не сохранили никаких объяснений Рокотова. Создается впечатление, что он вообще не удостоил Академию прошением об уходе. Просто объявился в Москве и перешел на положение вольного живописца. Правда, его отъезд совпадает с двумя примечательными событиями — назначением руководителем вновь образованного класса портретной живописи Кирилы Головачевского и получением заказа на несколько портретов опекунов Московского Воспитательного дома.
Не исключено, что глубоко задетый преимуществом, оказанным Головачевскому, который никак не мог сравниться с ним ни по славе, ни по мастерству, Рокотов воспользовался услужливо и своевременно подсказанным ему Бецким предлогом. Портреты опекунов давали основание уехать в старую столицу, откуда можно было уже не возвращаться. Бецкой, со своей стороны, не сделал ничего, чтобы Рокотова задержать или вернуть.
Я. Штелин пишет об этих годах Рокотова: «В 1762, 63 и 64 годах он был уже так занят и знаменит, что заказанные ему работы не мог один больше выполнять. В апреле 1764 года видели в его мастерской около пятидесяти похожих портретов, в которых прежде всего готовы были только головы». Речь идет о петербургской мастерской и петербургских заказчиках, с которыми так неожиданно расстается мастер. Если его имя сохраняло свое значение и для Москвы, все же московские возможности несопоставимы с петербургскими. Обида Рокотова сказывается и в том, что он не присылает своих работ на академическую выставку, как то делает советник Академии Иоганн Гроот или академик Антонио Перезинотти.