В августе 1796 г. она сошлась с философом У. Годвином и 29 марта 1797 г. стала его женой. 30 августа родилась их дочь, вторая Мэри Уолстоункрафт (впоследствии Шелли), а 10 сентября 1797 г. старшая Мэри Уолстоункрафт умерла от родильной горячки в Лондоне.