30 августа генерал Самарин прибыл в Лугу, где поставил Крымова в известность о происходящих событиях и передал приказ Министра-председателя явиться в Петроград. На следующий день было официально объявлено о подавлении «мятежа», а 2 сентября генерал Корнилов был арестован в Могилеве.
Так из-за нерешительности и амбиций Керенского, авантюризма Львова и деятельности других деятелей Февральской революции провалилась последняя попытка не пустить к власти большевиков.
Созданной Временным правительством 28 августа 1917 г. «
Керенский и поддерживающие его социалисты были уверены, что комиссия должна установить существование некой тайной организации, которая способствовала «заговору Корнилова» и хотела если не вернуть монархию, то установить военную диктатуру, но практически сразу стало ясно, что речь идет всего лишь о «трагическом недоразумении», в которое по политическим соображениям уже никто не хотел поверить.
31 августа, услышав объяснения генерала Крымова, И. Шабловский отпустил его, предварительно не усмотрев в его действиях попытки «мятежа». Но на следующий день, генерал Крымов не явился на допрос, так как под воздействиями острых переживаний покончил с собой той же ночью.
2 сентября члены комиссии прибыли в Могилев. Корнилов к этому времени содержался в тюрьме города Быхов, а поддержавшие его Деникин и члены его штаба в Бердичеве и Житомире.
Первое, что было необходимо сделать, это объединить всех подследственных в одном месте. Поэтому «Деникинская группа», содержавшаяся в Бердичеве, должна была быть доставлена в Быхов, но вызванный с Юго-Западного фронта комиссар Н. И. Иорданский отказался сделать это, ссылаясь на крайнее возбуждение солдат. Также он сообщил, что в Бердичеве намечено создать военно-революционный трибунал, который должен решить дело в 24 часа.
Прибывший 5 сентября в Ставку Керенский требовал от комиссии скорейшего решения по делу Корнилова и передачи обвинительного заключения в военно-революционный суд, но комиссия решительно воспротивилась этому, заявив, что не может установить все обстоятельства по делу в кротчайший срок и что дело «Деникинской группы», не может рассматриваться в отрыве от дела «Корниловской».
Керенский отказался одобрить заключение комиссии и вызвал в Ставку комиссара Иорданского, вместе с которым приехали прокурор Юго-Западного фронта генерал С. А. Батог и представитель солдатского комитета Дашинский. Когда все они собрались в вагоне комиссии, у ее членов отпало всякое сомнение, что суд в Бердичеве вынесет смертный приговор, который повлечет за собой столь же быстрое решение участи «Быховских узников». Так Дашинский заявил тоном, не терпящим возражения, что «проволочка в деле Деникина, хоты бы два дня, может вызвать такие события, исход которых трудно представить».
Председатель и члены Комиссии, отстаивали свою точку зрения. Они привели аргументы, о том, что военно-революционному суду могут быть подведомственны лишь дела не требующие предварительного следствия, к каковым «дело Корнилова» отнесено быть не может, поскольку была учреждена Чрезвычайной следственная комиссии. Кроме того, дело Корнилова должен рассматривать гражданский, а не военный суд, поскольку генералом Корниловым не было совершено воинских преступлений.
Хотя данные доводы были самоочевидны и юридически верны, тем не менее, они привели истеричного Керенского в ярость, и он демонстративно покинул вагон с криком: «Я назначал следователей, а не защитников генерала Корнилова, теперь я исправлю сделанную ошибку».
Очевидно, что Керенский стремился как можно скорее покончить с «делом Корнилова», чтобы замести следы и скрыть свою первоначальную причастность к организации «военного заговора». Для Министра-председателя было выгодно чтобы российская общественность, а также его союзники из Петросовета верили в то, что Корнилов хотел «погубить завоевания революции», тогда как Керенский во время этому помешал. Любое сомнение в этой официальной версии были политически нежелательным для главы правительства Российской республики.
Комиссия же состоявшая из честных юристов хотела разобраться в вопросе и докопаться до истины. Ситуация была напряжена до крайности, поскольку каждый день у стен Бердичевской тюрьмы, где содержался генерал Деникин собиралась солдатская толпа, требовавшая расправиться с ним. Необходимо было немедленно действовать, чтобы в Бердичеве и Быхове не произошло «суда Линча» и комиссия могла довести свое независимое расследование до конца.