С началом маньчжурского нашествия Чжэн Чжилун со своими родственниками принял участие в борьбе против «северных варваров», поддерживая минский престол. В год Обезьяны (1644) Чжэн Чжилун и два его брата собрали под своим началом большое войско. После захвата Пекина маньчжурами минский двор обосновался в Нанкине. В июне 1644 года, с восшествием на трон князя Фу-вана (Чжу Юсун), Чжэн получил титул бо. Когда в год Курицы (1645) минский князь Тан-ван (Чжу Юйцзянь) провозгласил себя императором в Фучжоу, Чжэн Чжилун стал главнокомандующим его войск, а его родной брат и два двоюродных возглавили соединения морских и сухопутных сил. Их отряды составляли основную часть стотысячной армии Тан-вана. Помимо военных дел в руках Чжэн Чжилуна сосредоточились и все финансы, в том числе около ста тысяч лянов серебра, пожертвованных на оборону. Семейство Чжэн держало в своих руках не только главные сухопутные силы правительства Тан-вана, но и весь фуцзяньский флот.
В год Собаки (1646) Чжэн Чжилуну даруют высший аристократический титул «гун». По сути, вся власть в Фуцзяни переходит в его руки. Его боятся чиновники и сам Тан-ван. Чжэн преследует неугодных ему лиц, а чиновники спешат к нему на доклад и поклон. Тан-ван, сознавая свое бессилие, не может противиться воле всевластного «премьер-министра». В угоду ему признает его старшего сына Чжэн Чэнгуна своим, жалует юноше императорскую фамилию Чжу и присваивает титул бо. Отныне Чжэн Чжилун, как и подобает государю, князю или наместнику, уже не поднимается со своего кресла-трона при приеме сановников и чиновников. Он уже не встречает, как положено по правилам этикета, входящего и не провожает его до выхода по окончании аудиенции.
В год Собаки (1646) цинские войска развернули стремительное наступление в Чжэцзяне, под угрозой оказалось все нажитое Чжэн Чжилуном в Фуцзяни — власть, богатство, поместья, торговые предприятия и флот. Видя победоносное продвижение «варваров» на юг, «владыка Фуцзяни» стал думать не об отражении неприятеля, а о переходе на его сторону во имя сохранения своего добра. Настало время для очередного предательства. Под предлогом отсутствия продовольствия он фактически сорвал второй поход фуцзянь-ских войск на север — против маньчжуров. Еще не перейдя открыто в стан завоевателей, он перестал активно поддерживать минские войска. Все помыслы Чжэн Чжилуна сосредоточились на сохранении своей власти и богатства, поместий и кораблей.
В середине года Собаки Чжэн Чжилун вступил в переговоры с врагом о капитуляции; он торговался о ее условиях и вскоре совершил акт самого настоящего предательства. Когда армия маньчжуров под командованием князя Боло вышла к границам Фуцзяни и полководцы Тан-вана сосредоточили свои войска для обороны узкого ущелья Сяньсягуань — «ворот» в эту провинцию, Чжэн Чжилун отвел свои войска от ущелья, обрекая тем самым армию Тан-вана на полный разгром. Его не остановило даже то, что его братья и некоторые из сыновей выступили против капитуляции. «Как плохой конь всегда не хочет расставаться с конюшней, так и Чжэн Чжилун не хотел расставаться со своим богатством», — так один из китайских историков XVII века охарактеризовал главный побудительный мотив предательства бывшего пирата.
Маньчжуры, казалось бы, оценили его старания. Командующий цинскими войсками Боло пообещал назначить Чжэн Чжилуна наместником Фуцзяни и Гуандуна, сообщив, что для него уже отлита соответствующая печать, а самого его ждут в цинском лагере для обсуждения дел и кадровых назначений в этих двух провинциях. Получив приглашение от Боло, Чжэн Чжилун буквально потерял голову от радости и в сопровождении трех сыновей помчался в расставленный для него капкан. По дороге в ставку Боло он расклеивал объявления, а в них хвастался присвоением ему сана императорского наместника. Устанавливал цены для тех, кто желал получить чиновную должность в его наместничестве. Словом, вел себя так, будто маньчжуры уже отдали ему в наместничество Фуцзянь и Гуандун. Боло действительно встретил его приветливо и устроил в честь гостя трехдневный пир. Но в третью ночь маньчжуры схватили будущего Чжэн Чжилуна и под охраной доставили в Пекин — ко двору богдохана Фулиня, а точнее — в распоряжение всевластного князя-регента Доргоня. До сих пор Чжэн Чжилун не ценил тех, кто желал ему добра. Обманывал доверявших ему. Продавал тех, кто его покупал. Изменял одним, переходил к другим. А теперь сам попал в лапы обманщиков и превратился в трофей победителей, их разменную монету.