Не лучше положение во время Великой Отечественной войны было и в других регионах Кавказа. Там пусть и не так открыто, как в Чечне, шли похожие процессы. Не зря же спецслужбы Третьего рейха строили свои подрывные планы на активном вовлечении местного населения в антисоветскую деятельность. Именно этим и обусловлены причины выселения, например, карачаевцев и балкарцев. Абвером и VI Управлением РСХА было создано несколько организаций: «Карачаевский национальный комитет», «Свободный Карачай», «За религию Карачая» и «Балкарская армия». Именно этими организациями в январе 1943 г. был организован мятеж в Карачае. После его подавления, в марте, лидерам так называемых карачаевских «подпольных» организаций, оставшимся на свободе, Абвером снова было предписано поднять мятеж. В этих условиях в июле 1943 г. распоряжением ГКО призыв карачаевцев в Красную Армию был отменен.
На территории Карачая в период оккупации (август 1942 г. – январь 1943 г.) и месяц-два спустя после нее действовало три банды. Одна из них численностью до 60 человек уже после ухода немцев 10 февраля 1943 г. навязала бой отряду особого назначения численностью до роты, убила 38 бойцов. Однако в феврале она была ликвидирована частями Красной Армии. Главари банды Дудов и Магаяев были убиты своим сообщником. Другая, «интернациональная» банда, состоящая из карачаевцев, кабардинцев, русских, балкарцев (до 20 человек), под руководством бывшего офицера Красной Армии Попова орудовала на границе между Кабардино-Балкарией и Карачаем и была разгромлена к апрелю 1943 г. Третья банда во главе с Хетагом Хетагуровым численностью до 20 человек состояла из осетин – жителей села Х. Хетагурова, была ликвидирована весной 1943 г.
За совершенные особо опасные и иные государственные преступления в годы Великой Отечественной войны на территории Карачаево-Черкесской автономной области и Ставропольского края было арестовано и осуждено около 760 карачаевцев. Из них как агенты немецких разведорганов – 20 человек, дезертиры – 200, участники банд – 260 и пособники – 280.