После поражения Собчака Путин ушел в отставку со всех своих постов в правительстве Санкт-Петербурга. Последней услугой Путина бывшему его начальнику, бывшему мэру, была организация его бегства. По просьбе Собчака, в разгар "квартирного скандала" (Собчака обвиняли в коррупции, в частности, в присвоении роскошной квартиры) он был перевезен силами РУБОПа сначала в Военно-медицинскую академию, где Юрий Шевченко (при президенте Путине позднее стал министром здравоохранения в правительстве Касьянова) поставил Собчаку диагноз, сердечную недостаточность, вследствие которой он, якобы, нуждается в госпитализации и не может быть некоторое время допрошен следователями. А через день уже известные по обыску у Шутова в 1991 году Шаханов и Милин, а также зам. начальника УФСБ по Санкт-Петербургу Александр Григорьев, якобы, осуществили операцию по вывозу Собчака во Францию. Стоит напомнить, что Собчак вернулся в Россию тотчас после того, как премьером стал Путин. И удобно скоропостижно скончался в Калининграде в феврале 2000 года, как бы для того, чтобы не мешать своему заму следовать по блистательному пути наверх. Без сомнения, Собчак знал о Путине не меньше, чем Путин знал и знает о Собчаке.
Владимир Владимирович Путин был безработным недолго. 19 мая Собчак проиграл выборы, а уже в июне 1996 года мы находим Владимира Владимировича в Москве на посту заместителя управляющего делами президента РФ Павла Бородина. Кто устроил ему это высокое назначение? Наблюдатели жизни В. В. П. расходятся во мнениях. Назовем основные версии. 1). Продвижению Путина по службе способствовал сам Пал Палыч Бородин, с ним Путин познакомился во время визитов Ельцина в Петербург. Позже, уже в Москве Пал Палыч познакомил Путина с Валентином Юмашевым, а затем и с дочерью Ельцина Татьяной Дьяченко. В пользу Бородина говорит и тот факт, что когда Бородин оказался в американской тюрьме, президент дал добро на выплату более чем миллионного (в долларах) залога за Пал Палыча. 2). Согласно другим данным, на должность заместителя управляющего делами президента Путина рекомендовал (к тому времени уже первый вице-премьер правительства РФ) Анатолий Чубайс, также птенец гнезда собчакова. Якобы Чубайс преследовал цель с помощью Путина собрать компромат на Бородина. 3). Роль сыграли рекомендации еще одного птенца гнезда собчакова Алексея Кудрина, того забрали в Москву чуть-чуть раньше на должность начальника Главного Контрольного Управления. 4). Алексей Большаков, бывший первый зам. председателя Ленгорисполкома ставший вице-премьером в правительстве В. Черномырдина, поспособствовал назначению Путина. 5). И, наконец, самая неприятная версия, связанная с именем нового губернатора Яковлева, соперника Собчака. Якобы, он устроил Путину хлебное место в Кремле в обмен на предательство Путиным Собчака во время избирательной кампании в Санкт-Петербурге.
Как бы там ни было, в июне 1996 года Путин впервые появился в Кремле. У Бородина Путину поручили заниматься тем, чем он занимался всегда, — хозяйственной деятельностью, — российской недвижимостью за рубежом. С 1995 года на эту собственность — всего 715 объектов недвижимости с общей площадью в 550 тысяч квадратных метров — претендовали МИД, Министерство морского флота и другие. Доходы только от сдачи в аренду части этого имущества составляли, по некоторым подсчетам, порядка 10 миллионов долларов ("Аргументы и Факты", 2000 год, № 3). Бизнесмен Филипп Туровер, свидетель по "делу Березовского" и швейцарскому "делу Бородина", обвинял Путина в причастности к финансовым махинациям на посту заместителя управляющего делами президента РФ. "Новая газета" № 49 (27.12.1998 — 02.01.1999) цитировала показания Туровера в швейцарском суде так: