Приказ убить Березовского был отдан Литвиненко 27 декабря 1997 года Камышниковым А. П., замначальника УРПО ФСБ РФ, капитаном I ранга, на оперативном совещании в присутствии других лиц. 15 апреля 1998 года Березовский обратился к замруководителя администрации Ельцина Савостьянову Е. В. с просьбой расследовать дело. 2 октября Главная военная прокуратура ответила Березовскому (документ № 29/00/0008-98): «
История началась, когда директором был Ковалев Н. Д. Когда директором стал Путин, Литвиненко по совету Березовского сходил к новому директору на прием. «
Весной 1999 года произошел один из самых громких скандалов в современной России: “дело Скуратова”, по центральным каналам была показана видеопленка, где был зафиксирован “человек, похожий на Генпрокурора” в постели с двумя проститутками. 7 апреля 1999 года Путин выступил на телевидении и сообщил, что предварительная оценка экспертов ФСБ и МВД признала видеозапись сексуальных развлечений “человека, похожего на Генпрокурора” подлинной, а в прессе (“Коммерсант”, 1999, 8 апреля) высказался за добровольную отставку Скуратова. Он также заявил, что “мероприятие”, зафиксированное на видеопленке, оплачивалось “лицами, проходящими по уголовным делам”, и заявил о необходимости объединить материалы двух уголовных дел — дела по статье 285 УК РФ (“Злоупотребление служебным положением”) относительно Скуратова и дела по статье 137 (“О вмешательстве в частную жизнь”) относительно лиц, незаконно следивших за Генпрокурором. Казалось бы, соломоново решение мудрого и справедливого директора ФСБ. Однако если вспомнить, что устранения Генпрокурора Скуратова добивался президент Ельцин, то дело Скуратова выглядит по-иному, как “грязное” устранение неугодного большого чиновника. Неудивительно поэтому, что лица, сделавшие скандальную видеозапись, остались неизвестными, что идентичность Скуратова и “человека, похожего на Генпрокурора” не была установлена юридически. Но видеозапись имела своим результатом физическое отстранение Скуратова от должности. И. о. Генерального прокурора стал сегодня уже одиозный, — грозное орудие власти и лично Путина, — Владимир Устинов.
С именем Путина на Лубянке, таким образом, связано ненавистное чекистам сокращение штатов, два крупнейших “грязных” скандала (один — порочащий ФСБ), но и положительная перемена к лучшему. Дело в том, что Путин добился своевременной выплаты зарплат офицерам с Лубянки. Настоящий хозяйственник! До этого Лубянке, как и всей остальной стране, платили нерегулярно. «