В декабре 1942 года во внутреннем Японском море прошли учения императорского флота, в которых приняли участие авианосец "Дзуйкаку", линкоры "Ямато", "Мусаси", "Фусо" и "Ямаширо". Почти весь 1943 год "Ямаширо" прослужил в качестве учебного корабля. В июле корабль прошел модернизацию и текущий ремонт на одной из японских верфей. На линкоре была смонтирована радиолокационная станция "Тип 21", усилена малокалиберная зенитная артиллерия, были установлены 21 25-мм зенитный автомат (17 одноствольных, 2 двуствольных), тем самым их общее количество было доведено до 37.
9 сентября "Ямаширо" выходит в море для испытания радиолокационной станции. 15 сентября корабль возвращают в состав действующего флота. С 8 по 12 октября в Куре он проходит докование и очистку корпуса, 13 октября в порту Ужина (окрестности Хиросимы) принял на борт армейскую часть и 15-20 октября в составе войскового конвоя "TEI №3" совершает переход на Трук. В конвой также входили линкор-авианосец "Исе", легкий крейсер "Тацута" и 4 эсминца.
По прибытии выяснилось, что бухта пуста и главные силы находились у атолла Брауна в надежде перехватить американское соединение, когда то атакует Уэйк. Войска с кораблей конвоя были выгружены, но они остались в лагуне, на "всякий" случай. 26-го флот вернулся в базу.
31 октября в море выходят линкор "Ямаширо", линкор-авианосец "Исе", авианосец "Дзунье", крейсера "Тоне" и "Татсута" и 4 эсминца. 5 ноября соединение находилось в проливе Бунго, именно там оно было обнаружено американской подводной лодкой "Хэллибат" (SS-232), которой командовал капитан- лейтенант И. Дж. Гэллентин. Командир субмарины знал, что через район его патрулирования проследуют вражеские корабли. Эта информация была получена от радиоразведки.
В 5 ч 5 мин утра на экране лодочного радиолокатора появились отметки целей. Элементы их движения были следующими: дистанция 22 километра, курс 300°, скорость 19 узлов. Лодка начала маневр выхода в атаку. В 5 ч 39 мин лодка произвела шеститорпедный залп из носовых торпедных аппаратов с дистанции 1100 метров и глубиной установки хода торпед 3 метра. Через минуту одна из торпед поразила авианосец. Взрыв прогремел в его кормовой части и повредил рулевое устройство. Пять торпед прошли рядом с "Дзунье", затем одна из них поразила "Ямаширо", но не взорвалась. Поврежденный авианосец отбуксировали в ближайший порт, а остальные корабли продолжили переход и 5 ноября прибыли в Токуяму, 6 ноября перешли в Куре и 7 ноября вошли на рейд в Хасирадзимы.
9 ноября флот вышел в море на учения. Во время выхода имело место чрезвычайное происшествие — столкновение с подводной лодкой "RO 113". К счастью удар был скользящим, и поэтому обе стороны отделались "легким испугом". До конца года линкор простоял на рейде, временами выходя в море на ученья. Последним примечательным событием года стала смена командира — был назначен бывший командир крейсера "Носиро" капитан 1 ранга Ю. Тавара.
29-31 декабря 1943 года "Ямаширо" совершил переход в Йокосуку. Следующие два месяца линкор базировался на этот порт. 25 февраля 1944 года произошла очередная реорганизация японского флота. 2-я дивизия линейных кораблей 1-го флота была расформирована, а её корабли передали в состав 2-й дивизии линейных кораблей Мобильного флота. "Ямаширо", оставаясь в составе этого соединения, был передан в распоряжение военно-морской базы в Йокосуке и использовался как учебный корабль. 1 мая 1944 года капитан 1 ранга Тавара был произведен в контрадмиралы, но 5 мая он внезапно скончался на борту своего корабля. С 6 мая кораблем командует контр-адмирал Ш. Котсукиё.
С 12 по 24 мая линкор проходит докование и 29 мая выходит в море для проведения испытаний новых систем радиолокаторов, в качестве корабля-цели. В июне 1944 года имели место два важных события: американцы высадились на острове Сайпан и выиграли первую битву в Филиппинском море. "Восходящее солнце" почти закатилось, это прекрасно понимали штабные офицеры императорского флота и начали планировать все более авантюристические и самоубийственные операции, надеясь хоть как-то изменить военную ситуацию к лучшему. Одним из таких планов был самоубийственный рейд линкоров "Фусо" и "Ямаширо" к Сайпану. При его подготовке планировалось усилить зенитное вооружение, а на палубе установить десантные баржи. Но командующий Объединенным флотом адмирал С. Тоёда этот план отклонил.