5 июня корабли прибыли в пункт назначения. 13 июня большая часть запасов топлива с них была выгружена на танкеры. 17 июня началась операция «AGO» — первая битва в Филиппинском море. «Фусо» переходит на бывшую американскую якорную стоянку в бухте Малалаг, но участия в боевых действиях не принимает и 20 июня возвращается в Давао. В это же время командование Императорского флота планировало использовать главный калибр линкоров «Фусо» и «Ямаширо» для обстрела американских позиций на острове Сайпан. Этот поход, скорее всего, стал бы для линкоров последним, но пока еще тяжелые артиллерийские корабли берегли для решающей битвы, поэтому этот план не был реализован.
1 июля линкор, сопровождаемый эсминцами, выходит в море. Целью перехода был атолл Таракан на острове Борнео. 3 июля, когда «Фусо» находился восточнее острова Борнео, его обнаружила американская подводная лодка «Робало» (SS 273). Этой субмариной командовал капитан-лейтенант М.М. Киммель, сын адмирала Киммеля, в декабре 1941 года командовавшего американским Тихоокеанским флотом. Лодка доложила о контакте с кораблями, но на базу не вернулась. Какое-то время она считалась пропавшей без вести.
Позднее от филиппинских партизан стало известно, что в японском плену находятся 4 моряка с «Робало». Хотя все они вскоре умерли, не выдержав условий плена, им все же удалось передать на волю историю гибели субмарины. 26 июля она находилась в двух милях от побережья острова Палаван, когда в кормовом отсеке прогремел взрыв. Спастись удалось только верхней вахте. Американцам удалось добраться до берега, где они попали в плен. Но все это будет потом, а пока «Фусо» продолжает свой путь. В этот же день он прибыл в Таракан. 8 июля корабль выходит в море и берет курс на Метрополию.
14 июля утром в проливе Бунго происходит очередной контакт с вражеской подводной лодкой. Еще светила луна. Японские корабли выполняли противолодочный зигзаг. Совершавшая свой первый поход подводная лодка «Помфрайт» (SS-391), которой командовал капитан 2 ранга Эцкер, обнаружила неприятельское соединение. Все началось с доклада оператора радиолокационной станции о появлении на экране отметки цели на дистанции 21000 метров.
Командир подлодки приказал увеличить скорость и лечь на курс перехвата. Вскоре расстояние сократилось до 12800 метров. Вражеские корабли были опознаны как линкор, сопровождаемый крейсером и эсминцами, вероятно, за крейсер был принят один из эсминцев охранения. Вскоре лодка заняла позицию для атаки. Несмотря на ярко светившию луну, Эцкер не стал погружаться. Это было ошибкой. Когда прожектор линкора осветил рубку «Помфрайт», то на ней был выполнен маневр срочного погружения, но субмарина осталась на перископной глубине. Командир наблюдал за тем, как японские корабли изменили курс и продолжали выполнять зигзаг. Вслед им был выполнен шеститорпедный залп, но ни одна из торпед цель не поразила. 15 июля «Фусо» и охранение невредимыми прибыли в Куре.
В конце июля — начале августа на борту корабля были выполнены последние модернизационные работы. На нем были установили 2 радиолокационные станции обзора надводной обстановки «Тип 22». Значительно усилили зенитное вооружение — установили 73 25-мм зенитных автоматов (8 трехствольных, 16 спаренных, 17 одноствольных). Отныне на вооружении «Фусо» было 110 25-мм автоматов и 10 13,2-мм пулеметов. Все работы окончили 14 августа. В этот день корабль выходит в море и совершает несколько межбазовых переходов, занимаясь боевой подготовкой.
10 сентября «Фусо» прибыл на рейд Хасирадизимы. В этот же день была проведена очередная реорганизация сил императорского флота. По новому расписанию «Фусо» и «Ямаширо» вошли в состав 2-го флота вицеадмирала Куриты, при этом они оставались в составе 2-й дивизии линейных кораблей. 23 сентября 1944 года на «Фусо» был поднят флаг вице-адмирала Насимуры. В этот же день оба линкора вышли в море, в сопровождении 4 эсминцев. Целью перехода был Линнга Роудз.