7 декабря 1941 года линкор встретил на рейде одного из портов Метрополии. На следующий день 8 декабря он в составе соединения выходит в море к островам Бонин и 13 декабря прибывает на якорную стоянку Хасирадзима, в окрестностях Хиросимы. Практически весь начальный период войны линкор находился там, временами выходя во внутреннее Японское море на маневры. С 21 по 25 февраля 1942 года «Фусо» находился у заводской стенки в Куре, где были выполнены работы по замене стволов орудий главного калибра, а также установлено размагничивающее устройство. Затем линкор вернулся на рейд Хасиридзимы.
18 апреля американские бомбардировщики «В-25», стартовавшие с авианосца «Хорнет» (CV 8). бомбили Токио. «Фусо» в составе эскадры вышел в море, пытаясь обнаружить «наглых» янки, но опоздал — американское соединение было уже далеко. 19 апреля самолет-разведчик с линкора обнаружил советское торговое судно «Ангарстрой», в точке с координатами 30° 00, N/135° 20, Е, в зоне, где было запрещено торговое судоходство, поэтому с самолета был сброшен приказ остановиться и ждать подхода военных кораблей.
Вскоре к «Ангарстрою» подошел эсминец, с которого была высажена досмотровая партия. Из судовых документов удалось установить следующие: судно следовало из Сан-Франциско во Владивосток с грузом сахара и продовольствия. Транспорт был отконвоирован для дальнейшего расследования в порт Кашимото (остров Хонсю). Вскоре судно было отпущено, но в порт назначения оно не прибыло. 1 мая оно было потоплено американской подводной лодкой «Гренадир» (SS-210, командир капитан-лейтенант Лент), к счастью, жертв среди экипажа не было.
Японские корабли продолжили поиск и 22 апреля вернулись в базу. 5 мая 2-я дивизия линкоров вышла в море на стрельбы. Во время очередного залпа в башне №5 линкора «Хьюга» произошел «затяжной» выстрел, начался пожар. Во избежание катастрофы пришлось затопить все кормовые погреба. «Фусо» сопровождал поврежденного собрата до Куре и затем ушел к месту постоянного базирования. На этот раз стоянка была короткой. С 19 по 23 мая линкор принимал участие в больших совместных маневрах 1-го и 3-го флота — императорский флот заканчивал подготовку к большой операции в районе атолла Мидуэй и Алеутских островов.
29 мая 2-я дивизия линейных кораблей выходит в море, составив основу соединения прикрытия высадки на Алеутах. Эта эскадра была достаточно мощной: в неё входили 4 линкора, 2 легких крейсера и танкеры. Операция закончилась катастрофой у атолла Мидуэй, Япония потеряла 4 авианосца и тяжелый крейсер, а самое главное — почти всех великолепно обученных морских летчиков.
Высадка на Алеутские острова была отложена, и все соединения отозваны на базу. 14 июня флот прибыл в Йокосуку, 22 июня перешел на рейд Хасирадзимы и 24 июня в порт назначения.
«Фусо», как и все остальные корабли соединения, находился в полной готовности к выходу в море. 14 июля была произведена реорганизация Японского флота. «Фусо» по-прежнему оставался в составе 2-й дивизии линкоров, в это соединение были также включены линкоры «Нагато» и «Мутсу». Отныне 1-я дивизия линейных кораблей включала в себя только корабли типа «Ямато». 2-я дивизия линкоров продолжала находиться в готовности к выходу в море, изредка выходя на ученья.
В августе 1942 года обсуждался вопрос о перестройке кораблей типа «Фусо» в линкор-авианосец. Конечно, на подобное японцы решились не от хорошей жизни, а пытаясь хоть как-то восполнить потери, понесенные в сражении у Мидуэя. Работы на «Фусо» должны были начаться в августе 1943 года, но вскоре от этого плана отказались.
С 3 по 5 сентября линкор прошел текущее докование в Куре. До начала ноября корабль находился на рейде Хасирадзимы, временами выходя в море на учения. 15 ноября 1942 года он был передан военно-морской академии в Этадзиме для использования в качестве учебного корабля. В декабре 1942 года во внутреннем Японском море прошли учения, в которых приняли участие линкоры «Ямато», «Фусо», «Ямаширо» и авианосец «Дзуйкаку».
15 января 1943 года линейный корабль вернули в состав действующего флота. Первое полугодие «Фусо» провел в водах Метрополии, не принимая участия в военных действиях. 8 июня 1943 года он находился на рейде Хасирадзимы, на соседней якорной стоянке находился линкор «Мутсу». Внезапно раздался взрыв, и этот линкор быстро затонул. Шлюпки «Фусо» спасли 353 человека. На всех кораблях, находившихся на рейде, была пробита боевая тревога и начат поиск вражеских подводных лодок, который вскоре прекратили.