В 1908 г. была проведена реформа в административно-хозяйственном управлении верфей Галерного островка и Нового адмиралтейства. Обе верфи объединили под общим руководством, образовался Адмиралтейский судостроительный завод, куда вошли также судостроительные мастерские Санкт-Петербургского порта. Начальником завода назначили корабельного инженера П.Е. Черниговского, а главным корабельным инженером объединенных верфей — Д.В. Скворцова, который имел двух помощников. При этом Адмиралтейский и Балтийский судостроительные заводы стали иметь общее правление, членами которого одновременно являлись оба начальника заводов.
Вопрос о перепланировке Галерного островка, постройке новой судостроительной мастерской и бассейна для достройки судов неоднократно поднимался П.Е. Черниговским и Д.В. Скворцовым перед Морским министерством. Инженерами Н.И. Дмитриевым и В.В. Колпычевым было разработано несколько вариантов проекта перестройки верфи. В нем предусматривалось, прежде всего, строительство закрытого бассейна для достройки самых крупных броненосцев и сооружение новой судостроительной мастерской. Для устройства бассейна предлагалось углубить и расширить правый рукав Фонтанки, впадающий в Неву, и присоединить к верфи часть территории, находившейся за этим рукавом. Планировалась также установка шеститонного крана с вылетом стрелы не менее 18 фут. (5,5 м) для погрузки оборудования и установки броневых плит. По размерам бассейн должен был вмещать одновременно два самых крупных корабля. Предполагалось соорудить через правый рукав Фонтанки плавучий мост и соединить Галерный островок железной дорогой с железнодорожной веткой Путиловского завода.
Этот проект переустройства Галерного островка был представлен в Морское министерство и одобрен Адмиралтейств-советом. Сметная стоимость всех работ по переустройству верфи составляла 1 млн. 17 тыс. руб. без учета строительства бассейна, моста и крана. В смете предусматривалось строительство новой судостроительной мастерской, мастерской между стапелями и новой литейной, оборудование медно-котельной мастерской и закупка новых станков. В нее была включена постройка здания электростанции и перенесение в него оборудования из Нового адмиралтейства.
Реорганизация верфи, начатая в соответствии с проектом в 1908 г. закончилась в 1912 г. Эти неотложные меры позволили впоследствии завершить строительство линейных кораблей "Гангут" и "Полтава" и приступить к сооружению линейных крейсеров "Наварин" и "Бородино". Для их строительства закрытые эллинги в 1911-1913 гг. были переоборудованы в отрытые стапели.
Но Адмиралтейский завод по-прежнему представлял собой чисто судостроительное предприятие и не располагал производственной базой для постройки судовых механизмов и котлов. По сложившейся на протяжении десятилетий традиции механизмы и котлы для судов, строившихся на Галерном островке в Новом адмиралтействе, изготовлял завод Берда, основанный в 1792 г. на Матисовом острове, ограниченном р. Невой и р. Пряжкой. В 1815 г. на этом заводе был построен первый русский пароход, после чего Ч. Берд получил монопольное право на строительство паровых судов в России.
Одновременно завод продолжал изготовлять паровые машины и котлы для двух соседних верфей. В 1881 г. завод Берда был приобретен французским акционерным Обществом Франко-Русских заводов и стал специализироваться на производстве судовых механизмов и котлов. Для строительства кораблей управляющий заводом француз де Буи добился передачи в аренду Галерного островка. К концу срока аренды 60 % акций Франко-Русского завода принадлежало Морскому министерству. Связи завода с верфями еще более упрочились, сложилась прочная кооперация судостроительных и машиностроительных предприятий. С 1905 г. Франко-Русский завод приступил к освоению выпуска судовых паровых турбин. В 1908 г. турбины, построенные им, получили диплом и большую золотую медаль на Всемирной выставке в Москве.
В получении ассигнований на строительство флота были заинтересованы и частные предприятия. Они начали наступление на казенные заводы, стремясь прибрать к рукам не только строительство легких кораблей, но и линкоров. Пример тому уже был — казенное Николаевское адмиралтейство было сдано в аренду частному заводу "Руссуд" на Черном море.
25 июня 1912 г. Общество Франко-Русских заводов обратилось в Морское министерство с просьбой снова арендовать верфь Галерного островка. Она была рассмотрена на Совещании по судостроению и отклонена. Тогда французские и русские капиталисты решили объединиться. На переоборудование объединенных заводов планировалось истратить около 5 млн. руб. На совещании по судостроению морской министр быстро изменил свое мнение. Теперь И.К. Григорович уже заявлял, что Адмиралтейский завод "нельзя признать судостроительным заводом в полном смысле этого слова", так как он не имеет в своем составе механического отдела, а его создание может быть осуществлено только через два-три года.