По штатам мирного времени в состав укрепрайона входили: управление коменданта укрепрайона, до трех отдельных пулеметных батальонов, отдельные рота связи и саперная рота. В штат отдельных укрепленных районов были введены артиллерийские полки (трехдивизионного состава) и до 6 взводов капонирной артиллерии. По мобилизационным планам части и подразделения штата мирного времени выделяли новые формирования: отдельные пулеметные батальоны, пулеметную роту; развертывали отдельные саперную роту и роту связи в батальонах, а взводы капонирной артиллерии – в батареях.
Для укомплектования укрепрайонов и других родов и видов вооруженных сил специалистами было разрешено призвать 300 тыс. приписного состава. В начале июня 1941 года на учебные сборы из запаса были призваны 800 тыс. человек, из которых 38,5 тыс. направлены в укрепленные районы.
Проблема была с сохранением в тайне схемы расположения укрепрайонов, их системы огня, взаимодействия с войсками полевого наполнения, механизированными формированиями.
Высшее руководство предпринимало меры по предупреждению утечки секретной, совершенно секретной информации. На основании директивы штаба Западного особого военного округа № 0011899 от 22.8.1940 г. командующий 3 армией командирам соединений и отдельных частей, коменданту Гродненского укрепрайона приказал: «При переписке с частями 3-го и 6-го механизированных корпусов для сохранения военной тайны следует писать, пример: Командиру такой-то стрелковой дивизии 3 стрелкового корпуса или 6 стрелкового корпуса; слово механизированные корпуса, механизированные дивизии и механизированные полки не упоминать. Случаи нарушения данных указаний будут рассматриваться как разглашение военной тайны и виновные – привлекаться к ответственности».
Однако нерадивые военнослужащие, гражданский персонал, а порой и шпионы, получали широкие возможности по сбору секретной информации, касающейся укрепрайонов. Так, проверка секретного делопроизводства Гродненского укрепрайона показала, что в деле № 02 по рекогносцировке укрепленного района директива особой важности 0019814/06 от 20.12.39 г. и директивы №№ 0027049/06, 00271171/06, 141653/06, 0027133/06 от июля 1940 года на учет не были взяты. Входящий и исходящий журналы для регистрации документов особой важности не прошнурованы, не подписаны и не опечатаны. Документы особой важности, поступая на доклад и исполнения исполнителю, выдавались без расписки. Лица, исполняющие эти документы, на них не расписывались. Топографические карты и схемы с нанесенной системой огня Гродненского УР на учете нигде не состояли. По заявлению начальника секретного делопроизводства т. Косаткина имелись случаи отправки и возвращения чертежей с грифом «секретно» и «сов. секретно» на участки без сопровождающих. При этом начальник штаба Управления строительства укрепрайона майор Попов недостаточно контролировал ведение делопроизводства в результате чего оно находилось в неудовлетворительном состоянии.
В феврале-марте 1941 года Главный военный совет дважды обсуждал вопрос о быстрейшем завершении строительства новых укрепленных районов. Чтобы как-то компенсировать недостающее в них вооружение, решили демонтировать часть артиллерийского вооружения со старых УРов и переместить его на западное и юго-западное направления, временно приспособив орудия под новые сооружения. В то же время на разоружаемых участках было решено сохранить часть вооружения, так как старые укрепленные районы предполагалось использовать в военное время.
16 июня ЦК ВКП (б) и СНК СССР вынесли специальное постановление «Об ускорении приведения в боевую готовность укрепленных районов». Партийное руководство и правительство страны стремились ускорить установку артиллерии и оборудование укрепрайонов. Но одних постановлений было мало.
Ко времени нападения фашистской Германии на СССР план строительства долговременных фортификационных сооружений в укрепрайонах был выполнен не более чем на 25 %. К тому моменту удалось построить около 2500 железобетонных сооружений (дотов), но из них лишь около 1000 получили артиллерию. В остальных устанавливались пулеметы.
Таким образом, около 20 % из намеченных узлов обороны укрепленных районов к началу войны были построены и только 5 % из них находились в боеготовом состоянии.
Постановлением Главного военного совета от 21 мая 1941 года для обеспечения боевой готовности построенных и строящихся укрепленных районов было признано необходимым в период с 1 июля по 10 октября сформировать дополнительно 110 артиллерийско-пулеметных батальонов, 6 артиллерийских дивизионов,16 отдельных артиллерийских батарей.