М.Ф. Ахундов внёс значительный вклад в культуру и просвещение азербайджанцев. К сожалению, при жизни его просветительская деятельность не была оценена по достоинству его земляками-азербайджанцами. Кто-то считал его "борцом за счастье народа", а кто-то наоборот - "предателем".
Интерес к культуре России у М.Ф. Ахундова всегда был велик, он живо интересовался историей и литературой России, общался с русскими писателями, учёными, просветителями. В Тифлисе близко познакомился с А. Бестужевым-Марлинским, В. Соллогубом, Я. Полонским, А. Одоевским, польским поэтом-революционером, А. Заблоцким, Аббаскули-ага Бакихановым, Исмаил-бек Куткашенским, Касум-бек Закиром, с видными грузинскими писателями Георгием Эристави, Григолом Орбелиани, Александром Чавчавадзе, и все эти люди сильно повлияли на формирование мировоззрения М. Ахундова.
Будучи в Тифлисе, Лермонтов принялся учить азербайджанский ("татарский", по тогдашней терминологии) язык. Азербайджанскому Лермонтова учил не кто иной, как Мирза Фатали Ахундов, служивший в то время переводчиком в канцелярии кавказского намест[?]ника. Покорённый красотой Кавказа и таинственностью местных легенд и преданий, Лермонтов писал сказку "Ашик-Кериб", сюжет которой был подсказан ему Ахундовым.
С 1850 по 1856 год он написал шесть комедий, в которых нашла реалистическое отражение жизнь Азербайджана первой половины XIX века. Пьесы печатались на страницах газеты "Кавказ" и шли с большим успехом на сцене. Особенной популярностью пользовались "Приключения скряги".
Первое значительное произведение Ахундова - "Восточная поэма на смерть Пушкина". Он написал эту поэму весной 1837 года, когда в Тифлис пришло известие о гибели великого поэта. Поэму напечатали под псевдонимом Сабухи, "Утреннее дуновение". Перевёл её на русский язык ссыльный декабрист Бестужев-Марлинский. В советское время она была переведена на русский известным переводчиком П. Антокольским.
Несколько лет назад был обнаружен оригинал произведения Мирзы Фатали Ахундзаде "Восточная поэма на смерть Пушкина". Директор Азербайджанского государственного архива литературы и искусства имени Салмана Мумтаза Маариф Теймуров сообщил, что оригинал нашёлся при повторном исследовании хранящегося в архиве личного фонда заслуженного деятеля науки Азиза Шарифа, который занимался изучением творческого наследия М.Ф. Ахундзаде.