Когда свершилась революция и началась гражданская междоусобица, не переросшая пока ещё в войну, она написала своей подруге Александре Олсуфьевой: "Я испытываю такую глубокую жалость к России и к её детям, в настоящее время не ведают, что творят. Разве это не больной ребёнок, которого мы любим во сто раз больше во время его болезни, чем когда он весел, здоров. Святая Россия не может погибнуть. Но великой России, увы, больше нет". Слова "Святая Россия не может погибнуть" Елизавета Фёдоровна специально подчеркнула пером. Через несколько месяцев она была арестована и вместе с келейной сестрой Варварой и четырьмя членами царской фамилии доставлена в уральский город Алапаевск.
Семнадцатого июля 1918 года всех шестерых усадили на подводы и повезли в сторону деревни Синячихи, где располагался старый, уже прекративший свою работу рудник. Задержанных сбросили вниз, в глубокую рудную шахту. Разбившиеся, с переломанными костями, узники, однако, были живы, они подползли друг к другу и начали читать молитвы.
В ответ на голоса, доносившиеся из глубины рудника, истязатели бросили несколько гранат. Голоса смолкли.
В этот же день в Екатеринбурге, в доме инженера Ипатьева, была расстреляна семья последнего российского императора Николая Второго.
Через два месяца Алапаевск заняли колчаковцы. Тела великой княгини Елизаветы, причисленной ныне к лику святых, и её спутников были подняты со дна рудника, уложены в гробы и отправлены на Дальний Восток, вначале в Читу, потом в Китай, в Пекин, оттуда - в Египет, в Порт-Саид, затем останки Елизаветы и монахини Варвары перевезли в Иерусалим, на Елеонскую гору, где поставили в склеп, расположенный под храмом Святой Марии Магдалины, в 1982 году мощи были перенесены в верхнюю церковь.
Во время церемонии церковная лестница была украшена флагом Императорского православного палестинского общества.
К этой поре в сознании верующих людей, и прежде всего христиан, уже чётко сформировалось понятие "Русская Палестина", для которой так много было сделано и великим князем Сергеем Александровичем, и княгиней Елизаветой. Это - подворья и соборы, больницы и школы, духовная миссия и монастыри, часовни и сельскохозяйственные угодья - в общем, владения были очень приличные. И всё это принадлежало ИППО. Только одних школ общество возвело на территории Святой земли более ста - для детей из православных и мусульманских семей.