Организационная перестройка, произошедшая в LLA в 1944 году, попытки восстановить штабы закончились арестами большинства ее командиров в 1945 году. Несмотря на все свои усилия, LLA не смогла стать всеобъемлющей военной организацией, несколько более эффективно сопротивляющейся оккупации. Проблема командира сыграла здесь важную роль. Казис Веверскис был командующим всей LLA, но он также занимал должность начальника организационного отдела, руководил целым подразделением OS и, вдобавок, держал в своих руках всю систему связи. Концентрация всего руководства, всех коммуникаций в руках одного человека в условиях подполья означала только одно: после смерти этого командира или нескольких командиров централизованная структура, ожидающая команд сверху, была обречена. Аналогичная участь постигла LLA после смерти ее основателя и командира Веверскиса 28 декабря 1944 года.
Заявленное общее количество членов LLA — 10 000 человек — преувеличено. Трудно сказать, сколько членов LLA осталось в Литве, сколько уехало на Запад, сколько погибло. Советские оккупанты знали об этой организации уже в 1944 году, это очевидно из указанного количества членов LLA в отчете Александраса Гузявичюса: до 26 января 1945 года НКГБ и НКВД арестовали 753 и убили 659 членов LLA. По данным МВД и МГБ, в 1944 году было убито в общей сложности 2436 партизан. В последующих отчетах LLA не упоминаются как отдельная группа.
VLIK, созданная в 1943 году и объединяющая не только подпольные организации, но и политические партии, действовавшие до оккупации, претендовала на то, чтобы стать лидером сопротивления. Об этом свидетельствует его декларация, опубликованная 16 февраля 1944 года, призывающая выступать против Советов. И VLIK, возглавляемый Степонасом Кайрисом, и его Военный совет, фактически, прекратили функционировать в Литве весной 1944 года после того, как гестапо арестовало некоторых членов, а другие покинули Литву. Летом 1944 года в Литве остался только один член Военного совета — генерал. Мотиеюс Печюленис, вступивший в LLA. На самом деле, в Литве были попытки воссоздать так называемый «маленький VLIK», но это не сыграло существенной роли в послевоенных процессах. VLIK, который был восстановлен в Германии в 1945 году, заслуживает совершенно иной оценки. Находясь далеко от Литвы, он оказал большее влияние на ситуацию в стране, чем когда находился в ней.
Вооруженное сопротивление, более сильное или более слабое, имело место во многих государствах, аннексированных Советским Союзом в 1939-1940 годах. Но по сравнению с лютеранской Эстонией и Латвией, где Церковь не гарантировала духовной и национальной поддержки, сопротивление в Литве было несколько сильнее. Стоит отметить, что сравнивая динамику сопротивления, происходящего в странах Балтии, можно отметить, что и эстонцы, и латыши сражались гораздо активнее, чем литовцы, на стороне немцев в войне против Советского Союза. В Латвии из 146 000 латышских солдат Латышского легиона Ваффен-СС около 50 000 были убиты, и столько же были приговорены советскими военными трибуналами или содержались в фильтрационных лагерях. Потенциал молодых людей был утрачен, в отличие от Литвы, где лица призывного возраста, которые потенциально могли погибнуть на фронте, и бывшие офицеры, бойцы батальонов, солдаты Сил территориальной обороны Литвы, которые могли стать жертвами террора, чаще всего становились партизанами. Сравнивая сопротивление в Эстонии, Латвии и Литве в 1947 году, можно увидеть, что в то время, когда сопротивление в Литве достигло своего пика, сопротивление в Латвии и Эстонии уже находилось в упадке. В 1947 году вооруженное движение в Латвии было слабее по сравнению с Литвой по всем показателям примерно в 9-15 раз, по всем показателям, в то время как в Эстонии меньше по сравнению с Латвией примерно в 3-4 раза. По возможностям и особому влиянию на внутреннюю ситуацию среди аннексированных Советским Союзом земель можно сравнить оппозицию Литвы и Западной Украины. Организованная борьба на Украине продолжалась до 1954 года, в то время как некоторые боевики были активны до 1960-х годов. Несомненно, человеческие потери были больше на западной Украине, население которой почти в три раза превышало население Литвы. — по советским данным, в 1944-1945 годах было убито 103 313 так называемых «бандитов», 110 785 арестовано и изъято более 60 000 единиц оружия. Однако количество столкновений в Литве и Западной Украине было схожим (в 1947 году 1333 столкновения в Литве и 1603 на западной Украине), но в Литве было подсчитано в три раза меньше жертв от партизан. В то же время в Литве в два раза больше коллаборационистов получили смертный приговор — 1977 (на Западной Украине — 959).
Принудительная мобилизация мужчин в Красную Армию (Август 1944-май 1945)