Гибель депортированных началась с того момента, когда оперативные группы, проводившие депортации, ворвались в квартиры и дома депортированных. Каждая попытка сбежать или оказать сопротивление пресекалась с применением оружия. Советские войска стреляли в убегающих людей и жестоко избивали их, когда они попадали в плен или оказывали сопротивление. Не только условия депортации, когда люди были запихнуты в товарные вагоны для скота, содержались в антисанитарных условиях, испытывали нехватку воздуха, часто также пищи, большие духовные переживания, но и состав депортированных определил более высокое число погибших. Более 70 процентов депортированных жr
десь женщин и детей. В 1941-1953 годах было депортировано не менее 39 000 детей и 50 000 женщин. Первыми умерли дети, старики, беременные женщины и младенцы, родившиеся в эшелонах. Согласно данным MGD, в 1948 году во время перевозки 30 888 депортированных 198 депортированных не добрались до места назначения или были ранены во время поездки, 47 из них умерли и 104 были оставлены в больницах по пути следования. Уничтожение депортированных продолжалось и в местах их ссылки. До 1945 года погибло много первых депортированных, среди которых были не только литовцы, но также поляки и евреи. С 1945 года этническое разнообразие депортированных исчезло. Депортированы были только этнические литовцы или люди, связанные с ними родственными узами.С 1941 года литовские депортированные были отправлены в Сибирь. В 1948-1951 годах около 80% всех литовских депортированных были депортированы в Иркутскую и Красноярскую области. Согласно установленному порядку распределения ссыльных, большинство из них направлялось на лесозаготовки или деревообрабатывающие предприятия. Это была самая тяжелая работа, и женщины трудились наравне с мужчинами. и советского КГБ говорится, что «депортированные в Красноярском крае, которые были переведены на Игарский лесозавод, размещались в непригодных помещениях — протекающие крыши, окна без стекол, без мебели и постельных принадлежностей. Они спят на полу. Были случаи заболевания тифом и дизентерией, которые заканчивались смертью. Из-за плохих условий жизни и быта увеличилось количество побегов литовцев». На основании имеющихся документов МВД и В документах МГБ можно определить, что на 1 января 1953 года из 118 000 человек, которые были депортированы в 1945-1952 годах, 98 286 оставались в живых. Некоторые депортированные были заключены в тюрьму за антисоветские выступления и побег из мест депортации, в то время как дети, родившиеся в депортации, были добавлены в списки депортированных (до 1953 года в депортации родилось около 2000 детей). Депортированные пытались спастись от смерти в изгнании любым возможным способом, сначала бежав в Литву. Таким образом, количество депортированных постоянно менялось из-за высокого уровня смертности и довольно многочисленных побегов. В 1945-1952 годах около 5000 литовцев бежали из мест депортации.
С 1948 года, когда начались массовые депортации литовцев, решения правительства СССР еще больше ограничивали и регулировали положение депортированных. Депортированные не имели права покидать место депортации без разрешения МВД, у них не могло быть паспортов, и они были обязаны не реже одного раза в месяц регистрироваться в специальных комендатурах и проходить обязательную работу. За побег с места депортации согласно указу Президиума Верховного Совета СССР от 25 ноября 1948 года «Об уголовном преследовании за побег из мест депортации», каждый пойманный беглец наказывался 20 годами каторжных работ (официально указ касался депортированных чеченцев, немцев, крымских татар и других народов в годы войны, но он также применялся к литовцам, латышам, эстонцам, а также украинцам). Советские законы предусматривали пять лет тюремного заключения в трудовых лагерях за сокрытие литовских депортированных и их детей, i. e. то же наказание, что и за укрывательство участников сопротивления.