Бригада депортированных, катящих бревна к реке. Хабайдак, Партизанский район, Красноярский край, 1950-е годы.
В декабре 1947 года было депортировано 736 семей (2782 человека), в январе-феврале 1948 года — 284 семьи (1134 человека). Люди были депортированы из всех районов Литвы. Из каждого из них было депортировано примерно 129-284 человека. До 15 апреля 1948 года число депортированных семей достигло 1022, а количество человек — 3938. До великой депортации 1948 года в течение 2,5 лет было депортировано 12 304 человека. В 1947-1948 годах многие люди были выбраны для депортации не потому, что они поддерживали сопротивление, а реализуя постулат коммунистической идеологии, требующий «ликвидировать кулачество как класс». В 1948-1951 годах такой принцип отбора депортированных преобладал, когда в Литве проводилась коммунистическая сельскохозяйственная реформа — принудительная коллективизация, и литовское сопротивление уже не было таким боеспособным, как в первый год. В Литве было сделано то, что было реализовано в Советском Союзе уже в 1930-1933 годах.
В 1948-1951 годах крупнейшие депортации литовцев были осуществлены на основании решений Совета Министров СССР. Первые две депортации были официально проведены против обнаруженных партизан и скрывающихся лиц, семей убитых партизан и осужденных, а также сторонников сопротивления (согласно коммунистической идеологии, сторонниками антисоветского сопротивления могли быть только «кулаки»). В 1951 году депортации были проведены против фермеров, которые устояли перед волной коллективизации и все еще владели своими индивидуальными хозяйствами, а также против «кулаков, действующих против коллективных хозяйств». Совет Министров Литовской ССР и местное отделение МГД в своих инструкциях и приказах детально проработали все решения Совета Министров СССР и, соответственно, МГБ. Решения о депортации кулаков были окончательно одобрены литовским правительством ССР Совет Министров, в то время как решения о депортации членов семей партизан и их сторонников принимались на Специальном заседании МГБ СССР.
Районные отделения МГБ занимались подготовкой к депортациям и формированием досье на депортированных, в то время как списки будущих депортированных утверждались секретарями районных комитетов ВКП(Б) и председателями исполнительных комитетов. Депортации 1951 года были исключением, когда местные советские учреждения составляли списки депортированных.
Подготовка к массовым депортациям держалась в секрете. Их осуществили МГБ и МВД внутренних дел, армии охраны государственной границы и железных дорог с помощью милиции и стрибая. Из России и Белоруссии были привлечены дополнительные силы правопорядка — около 2500 или более сотрудников МГБ. Только для депортаций в мае 1948 года было собрано 30 118 сотрудниковМГБ и МВД, солдат, офицеров и стрижей. Они получили помощь от 11 446 активистов партии и советского государства. Приехали представители МГБ СССР из Москвы. С их помощью эти акты геноцида были тщательно спланированы и контролировались.
Все депортации были трагически схожи по своей бесчеловечности. Операция по депортации 22-23 мая 1948 года проводилась под кодовым названием «Весна» («Весна»). Планы Москвы предусматривали депортацию 12 134 семей, то есть 48 000 человек, в Якутию (позже переименованную в Бурят-Монгольскую АССР) и Красноярский край. 22 мая МГБ и его помощникам удалось задержать 27 023 человека. До 14:00 23 мая в эшелонах находилось 10 665 семей, т. е. 36 932 человека (включая 10 615 детей). Осуществляя план депортации, МГБ, используя дополнительные списки, составленные полуграмотными местными советскими активистами, собрало еще несколько тысяч человек. Семьи, не включенные в списки, семьи, отобранные службой безопасности и коллаборационистами, были отправлены в эшелоны. Они отправили всех людей, которых нашли на окруженных хуторах: детей без родителей, родителей без детей. Когда эшелоны начали двигаться к местам депортации, в них уже находилось 40 002 человека. В каждом из эшелонов, отправляющихся в места депортации, находилось 304-443 семьи, т.е. 915-1,656 человек (включая 280-586 детей). Во время перевозки в вагонах для скота депортированные начали умирать. Таким образом, около 1-5 человек в каждом эшелоне не добрались до места депортации. Охранники изъяли скудные запасы продовольствия, которых, согласно инструкциям МГБ, должно было быть «достаточно на 45 дней», они заберут жир и мясо. Таким образом депортированных перевозили в течение нескольких недель.