Во-первых, планировалось депортировать немцев, проживающих в Литве. Поскольку все немцы Советского Союза уже в 1941 году были депортированы в Сибирь и Казахстан, 16 декабря 1944 года началась подготовка к депортации всех немцев Литвы — «независимо от их социального статуса, деятельности, возраста и пола». Предусматривалось также выселение всех лиц негерманского происхождения, связанных с этническими немцами семейными узами — жен, мужей, детей и других родственников. Таким образом, люди, имеющие родственников в Германии, преподающие немецкий язык или исповедующие лютеранскую веру, были включены в списки на депортацию.
В конце апреля 1945 года люди, предназначенные для депортации, были собраны на железнодорожных станциях Мариямполе, Кретинга, Шяуляй и Таураге и перевезены в Каунас. Отсюда 3 мая их эшелон двинулся на север, в Коми АССР. 9 мая, достигнув Вологды, эшелон повернул на юг. Только в июне депортированные достигли конечного места своей депортации в Таджикистане (долина реки Вахш). По официальным данным, там оказались 854 человека, хотя планировалось депортировать не менее тысячи человек. В одном советском документе говорится о 1048 депортированных.
24 мая 1945 года заседание Литовского бюро ЦК ВКП(Б) под председательством Суслова решило запросить разрешение Берии на организацию массовых депортаций — по 50-60 семей из каждого района. На тот момент в списки ‘антисоветских’ семей, подготовленные НКВД, было внесено 9 603 семьи (31 696 человек) (по неполным данным). Из них были выбраны кандидаты для новых депортаций.
Все подразделения сил НКВД и «стрибай» (литовская аббревиатура русского слова «истребитель» — «разрушитель») были собраны для проведения депортаций и их защиты. Они сформировали пять видов боевых групп: для проведения депортаций; для окружения подворий депортируемых лиц (они назывались группами прикрытия объекта операции); для охраны депортированных на пути к железнодорожным станциям (назывались группами охраны путей эвакуации депортированных); для охраны железнодорожных станций (так называемых пунктов сбора); и для охраны эшелонов депортированных. Депортации осуществляли сотрудники НКВД, НКГБ и военнослужащие войск НКВД (всего по четыре человека в каждой группе). Стрибаи составляли примерно 50-70% членов групп, окружавших дороги и железнодорожные станции и охранявших их. Только силы НКВД охраняли сами эшелоны с депортированными.