Местные коллаборационисты — стрибаи, первые секретари районных комитетов ЛКП [Б], председатели исполнительных комитетов и представители ЛКП[Б] ЦК и Совет народных комиссаров (КПК) — принимали активное участие в составлении списков депортированных и проведении депортаций. Самой большой заботой CPS была организация грабежей депортированных и использование конфискованного имущества, однако они вместе с войсками НКВД на вокзалах проверяли списки депортированных.
Характерной чертой этих депортаций было то, что люди депортировались как члены и сторонники партизанских семей, а их усадьбы (не во всех случаях) были конфискованы перед депортациями. Итак, чего стоило демагогическое разрешение «взять с собой до 1,5 тонн вещей» и замечание представителя КПК Каролиса Диджиулиса «у всех депортированных семей обычно было очень мало ценных вещей и еды, и, следовательно, они мало что брали с собой». Коммунистические активисты прекрасно знали и понимали, на какую судьбу они обрекли этих людей. На основании решения НКВД СССР от 16 июня 1945 года 6320 человек (без учета немцев) были депортированы в Коми АССР и Молотовскую (ныне Пермская) и Свердловскую области.
К тому времени более распространенной формой террора в Литве было тюремное заключение и отправка в трудовые лагеря, но в начале 1946 года также проводились депортации людей. До этого велась подготовительная работа. 2 февраля во всех округах 573 семьи (включая 1305 взрослых и 561 ребенка) из предложенных 907 семей были отобраны для депортации. По состоянию на 1945 год у многих семей уже не было никакой собственности, поскольку их усадьбы были конфискованы. Когда готовились к депортации, 15 февраля 1946 г. Народный комиссар внутренних дел ЛССР генерал-майор А. Юозас Барташюнас огласил первый и последний общественный приказ: «Арестовать и депортировать семьи бандитов и буржуазных националистических активистов, которые не сдались учреждениям Народного комиссариата внутренних дел».
НКВД очень тесно сотрудничал с КПК ССР Литвы и ЦК ВКП(б). Одни готовились к сбору и транспортировке депортированных, другие — к конфискации и распределению оставленного ими имущества. 18-21 февраля 1946 года депортации были организованы в четырех районах: Алитус, Мариямполе, Лаздияй и Таураге. 2-17 февраля 1946 года 424 семьи (1713 человек) были погружены в эшелоны. Включая индивидуальные депортации некоторых семей, в 1946 году была депортирована 501 семья (2082 человека) и 16 182 человека были отправлены в трудовые лагеря.
В 1946-1947 годах в Литве проводились лишь небольшие депортации — в массовом порядке в СССР перевозились только уже находящиеся в заключении лица. 29 сентября 1947 года Совет Министров СССР издал постановление о депортации семей выявленных партизан и их сторонников в отдаленные районы СССР. Во исполнение решения 16 октября 1947 года министр государственной безопасности СССР генерал-полковник Виктор Абакумов подписал приказ о депортации упомянутых семей. Нетерпеливые голоса были слышны и в Бюро ЦК ВКП (Б). 12 декабря бюро постановило, что в Литве в ответ на нападения партизан «репрессивные меры (депортации) применяются нерешительно». В тот же день начались массовые депортации.