В трудовых лагерях НКВД люди испытывали много физических и моральных страданий. Поскольку смертность была высокой из-за тяжелого труда, голода и болезней, число заключенных продолжало сокращаться. В документах ГУЛАГА такое уничтожение людей называлось «поддержанием физического состояния заключенных и их полным использованием в трудовых целях». По словам бывших заключенных, «целью советских трудовых лагерей было превратить человека в раба, смиренного и послушного властям, неспособного мыслить, сопротивляться насилию и произволу». К тем, кто не был сломлен, применялись дополнительные меры наказания: штрафные изоляторы, бараки с более строгим режимом и дополнительные приговоры. Всем заключенным, отправленным в трудовые лагеря, приходилось много работать. Трудовые лагеря обычно располагались в суровых районах. Стремясь использовать политических заключенных только для самой тяжелой работы и ужесточить условия их заключения, в 1948 году их начали отправлять во вновь созданные специальные трудовые лагеря. Заключенных заставляли выполнять тяжелейшие подземные работы на угольных и урановых шахтах, а также расчищать леса и т.д. Работая в самых суровых погодных условиях, строя автомобильные и железные дороги в болотах, строя нефтеперерабатывающие, химические или другие предприятия, работая в шахтах, погибло много заключенных. Работа в шахтах была особенно опасной для заключенных. Многие литовцы работали на шахтах в Воркуте и других местах. Взрывы метана, обвалы унесли жизни многих из них.
За десятилетие после войны более 80 000 политических заключенных были отправлены из Литвы в трудовые лагеря. На 1 января 1952 года в заключении находилось 47 124 литовца. В 1948-1954 годах по меньшей мере половина литовских заключенных была заключена в специальные трудовые лагеря, где условия труда и жизни были самыми тяжелыми. Среди 258 323 заключенных в специальных трудовых лагерях было 22 636 литовцев. Жители оккупированных Советским Союзом стран Балтии чаще попадали в тюрьмы из-за их активной антисоветской, провоцирующей освободительную борьбу и настроений против захватчиков. Среди заключенных упомянутых трудовых лагерей была большая категория «социально опасных» заключенных. Это были бывшие военные, министры, государственные служащие, священники, пасторы, учителя и представители других высокообразованных слоев Литвы, Латвии и Эстонии, которые не были приписаны к повстанцам, членам антисоветских организаций или просто «националистам’. Среди погибших или вернувшихся из трудовых лагерей в плохом состоянии здоровья были: генерал. Йонас Юодишюс (умер в трудовом лагере Абезь 17 декабря 1950 года), профессор Антанас Жвиронас (он был заключен в трудовой лагерь Абезь и 6 октября 1954 года умер в Вильнюсском институте туберкулеза), профессор Лев Карсавин и многие другие известные литовские личности. Очень трудно определить, сколько из них умерло за пределами Литвы — в трудовых лагерях (по приблизительным данным, там умерла треть политических заключенных). До 1958 года около 19 000 литовцев, которые были заключены в тюрьму за «особо опасные контрреволюционные преступления», то есть политические заключенные, вернулись в Литву. Десятки тысяч бывших политзаключенных исчезли или долгое время не могли вернуться в Литву.