Условия содержания заключенных в общих и внутренних тюрьмах НКВД (МВД) и МГП были ужасными. За период 1944-1953 годов наибольшее количество заключенных в 12 тюрьмах составило 16 591 на 1 февраля 1945 года. Даже в июле 1945 года, когда 110 555 из 263 817 заключенных в Советском Союзе были амнистированы, число заключенных в Литве не сократилось, а наоборот, увеличилось с 10 881 (на 1 июля) до 11 959 (на 1 августа). Во время допросов заключенные были искалечены. По словам МВД, военного прокурора армии С. Гримович, «многие показания признавшихся’ [...] были получены с использованием мер физического воздействия». В соответствии с инструкциями МВД и МГБ, во время допросов лиц, обвиняемых в «государственных преступлениях», широко применялись пытки, т.е.. е. за активное или пассивное сопротивление оккупационным властям. С 1954 года «санкционированные’ физические пытки больше не присутствовали в арсенале Комитета государственной безопасности (КГБ) для допросов, но продолжали использоваться все другие методы допроса, включая провокации, угрозы, шантаж и, в исключительных обстоятельствах, официально не санкционированные пытки. Например, 12 октября 1956 года, когда Адольфас Раманаускас, последний главнокомандующий партизанскими вооруженными силами и заместитель председателя президиума LLKS (литовская аббревиатура Движения борьбы за свободу Литвы) попал в руки КГБ, его привезли в Вильнюс и в первые часы ареста жестоко пытали сотрудники КГБ: «[...] на веке имеются шесть колотых ран, нанесенных, судя по их диаметру, тонкой проволокой или гвоздем, вошедшими в глазное яблоко; множественные гематомы в области живота; резаная рана на безымянном пальце левой руки. На гениталиях обнаружено следующее: [...] отсутствуют оба яичка и семенные протоки».
На 20 января 1945 года в литовских тюрьмах находился 331 заключенный, приговоренный к смертной казни, большинство из них были политическими заключенными. Трупы заключенных, расстрелянных в подвале Вильнюсской тюрьмы НКГБ, были доставлены в бывшую усадьбу Тускуленай и тайно захоронены там. В одну яму было брошено 154 трупа, 89 — во вторую яму и 48 — в третью. До 26 мая 1947 года, когда в Советском Союзе была отменена смертная казнь, было убито 760 заключенных — около трети из них были участниками литовского движения вооруженного сопротивления или их сторонниками. После 1950 года, когда смертная казнь была восстановлена для «предателей отечества, шпионов и диверсантов», до июня 1953 года к смертной казни было приговорено не менее 250 человек.
Пытаясь скрыть, что арестованные подвергались тайным пыткам, тюрьмы были созданы в подвалах управлений НКВД (МВД) и МГБ. Ухудшая условия содержания заключенных, Советы стремились сломить их физически и психологически. В тюрьмах в течение года 21-31% всех заключенных были больны различными заболеваниями (туберкулез, пневмония, тиф и цинга). Эпидемии, психические заболевания и самоубийства были обычным явлением. Только в 1944-1947 годах в тюрьмах общего режима умерло 1826 человек. Родственники умершего получили свидетельство о смерти, но никакой информации о месте его захоронения. Некоторые из приговоренных заключенных оказались в филиале ГУЛАГа, созданном в Литве: Вильнюсском трудовом лагере №. 1 (самый известный отдел располагался на Улица Расу ), трудовой лагерь Правенишкес (трудовой лагерь № 2), трудовой лагерь Шилуте (Мацикай) (трудовой лагерь № 3) и т.д. Большинство заключенных этих лагерей были осуждены за так называемые общеуголовные преступления, то есть за неуплату государственных налогов, за невыполнение обязательств в натуральной форме. Среди заключенных было много женщин — матерей и жен партизан или женщин, описанных как «социально опасные» (по данным на 1 апреля 1952 года, в заключении находилось 2026 женщин). The Silute трудовой лагерь был эксклюзивным, в 1946-1952 годах в нем были заключены тысячи заключенных женщин и детей. В лагере вместе с заключенными женщинами находилось 620 детей, из которых там родились 194.
Трудовые лагеря ГУЛАГА не были обычными тюрьмами. В 1940-1941 и 1944-1952 годах в лагерях ГУЛАГА в разное время находилось почти 150 000 человек, вывезенных из Литвы. В 1945-1952 годах было проведено 54 ‘этапа’, в течение которых из литовских тюрем было отправлено 1000 или более заключенных. Те лица, на которых в Литве не было заведено никаких дел, также были отправлены в ГУЛАГ. Это были деревенские жители, которые во время карательных военных операций были арестованы по подозрению в поддержке сопротивления. Рано или поздно Специальное заседание МВД или МГБ отмерило бы этим заключенным 10 или 25 лет тюремного заключения.
1944
1945
1946
1947
1948
1949
1950
1951
1952
Итого:
l,338
32,661
16,182
19,324
20,837
14,948
12,194
12,763
12,332
142,579