После смерти Сталина 27 марта 1953 года по инициативе Берии Верховный Совет СССР обнародовал указ «Об амнистии». Согласно ему, были освобождены 1,2 миллиона заключенных, в основном осужденных за уголовные и так называемые бытовые преступления. Несмотря на то, что также предусматривалось освобождение политических заключенных, приговоренных к пяти годам тюремного заключения, большинство литовских заключенных продолжали содержаться в трудовых лагерях ГУЛАГа. Заключенные продолжали умирать от болезней, тяжелой работы или были убиты охранниками. В нескольких специальных трудовых лагерях одно за другим возникли восстания заключенных, которые требовали некоторых основных прав (облегчения тюремного режима, медицинской помощи и расследования убийств заключенных и т.д.). Антисоветских лозунгов избегали, чтобы не было тотального уничтожения заключенных. Литовцы активно участвовали во всех восстаниях заключенных. 4 августа 1953 года 104 заключенных, в том числе несколько литовцев, были убиты, когда власти подавили восстание в трудовом лагере Горлаг (Норильск). В то же время во время подавления восстания в трудовом лагере Речлаг (Воркута) МВД армия убила 62 заключенных и ранила более 300 заключенных. Несколько литовцев также были убиты. Во время подавления восстания в трудовом лагере Кенгыр (Казахстан) были убиты десятки заключенных. Восстания заключенных вынудили Советы упразднить специальные трудовые лагеря и постепенно отказаться от использования принудительного труда. Наконец, заключенных, после того как они все годы заключения страдали от суровых условий, начали выпускать на «свободу». Эта «свобода» означала, что они должны были жить в определенных районах Советского Союза или переезжать жить в места депортации других членов семьи. Освобожденный из Владимирской тюрьмы 27 августа 1954 года бывший министр иностранных дел Литвы Юозас Урбшис написал: «Они освободили меня, но не позволили вернуться в мою страну». Другие заключенные направлялись прямо из трудовых лагерей в больницы или дома для инвалидов (епископа Теофилиуса Матулиониса доставили в дом для инвалидов рядом с трудовым лагерем Дубравлаг, а бывшего премьер-министра Антанаса Меркис был доставлен в больницу во Владимире, а позже в дом для инвалидов и так далее.
В 1954 году из трудовых лагерей ГУЛАГа были освобождены нетрудоспособные заключенные или те, у кого закончился срок наказания, в то время как в 1955-1956 годах большинство заключенных были освобождены после официального пересмотра их дел. Заключенные литовцы также были включены в эту волну «либерализации». Верно, что такой «либерализм’ имел четкие границы-правила, строго установленные организаторами геноцида литовского народа: первоначально «освобожденным» лицам запрещалось покидать определенную территорию или они отправлялись в изгнание, а после отмены этих ограничений им запрещалось возвращаться в Литву.
Депортации — уничтожение семей
Сразу после начала второй советской оккупации и возникновения пассивного или активного сопротивления литовского народа руководители НКВД, НКГБ и генеральной прокуратуры попытались обосновать необходимость массовых депортаций. Каждый мужчина, скрывающийся с оружием или без него, объявлялся «бандитом», а его семья — «бандитской семьей». 20 октября 1944 года начальник пограничного округа генерал-майор Дж. Михаил Бычковский, предложивший «поднять террор на более высокий уровень» и принять необходимые «репрессивные меры против семей бандитов», вскоре нашел сторонников. Организаторы и исполнители террора направили запросы в Москву с требованием санкционировать начало депортаций. Одним из первых официальных лиц, выразивших мнение, временный прокурор ССР Литвы Э. Гирко заявил: «Ввиду сложившейся ситуации необходимы энергичные и решительные меры — меры запугивания и безжалостного подавления [...] для подавления членов действующих бандитских семей I-..]».
Как и в 1941 году, была начата регистрация «антисоветских элементов», но Сергей Круглов, специалист по разрешению «проблемы» чеченцев, ингушей и крымских татар, прибывший 4 декабря 1944 года, призвал на данный момент использовать другие «меры беспощадного подавления». Он сделал предложение Берия санкционировал только «депортацию активных участников вооруженных группировок, предателей отечества и представителей немецкой нации», но в то время тысячи людей были арестованы, физически ликвидированы, а усадьбы партизанских семей и их сторонников конфисковывались. Более того, война все еще продолжалась, и, следовательно, не наступило благоприятное время для массовых депортаций, которые могли бы вызвать еще большее сопротивление Литвы в тылу советской армии.