Вторая крупная депортация под кодовым названием МГБ «Прибой» («Прибрежный прибой») была проведена 25-28 марта 1949 года. Депортации также проводились одновременно в Латвии и Эстонии. Планировалось депортировать 8500 семей (25500 человек) из Литвы. На этот раз запланированные показатели были превышены во время депортации. Даже когда половине литовцев, включенных в списки депортируемых, удалось успешно скрыться, 13 785 сотрудников, солдат и офицеров МВД и МГБ, 7 166 стрибай и 9500 советских административных и партийных активистов сформировали группы по обеспечению депортации (в каждую группу входил один сотрудник МГБ или МВД, два солдата, два стрибая и три советских административных и партийных активиста), составили дополнительные списки депортированных, погрузили в товарные вагоны для скота и отправили 8 765 семей (28 981 человек: 8 357 детей, 11 541 женщина и 9 083 мужчины). Население Литвы уже было свидетелем многих массовых депортаций людей, поэтому родственники уже заключенных или депортированных лиц не ночевали в своих домах, прятались сами и пытались спрятать своих детей. В марте 1949 года 13 777 человекам удалось избежать депортации. 10-20 апреля была организована операция по поимке семей, избежавших депортации, и на железнодорожной станции Губерния (Шяуляй) были сформированы дополнительные два эшелона с депортируемыми. Заместитель министра внутренних дел СССР Василий Рясной оценил их как «особо опасный контингент, для которого автомобили должны были быть оборудованы как для заключенных». Таким образом было вывезено 2927 человек (в том числе 680 детей), закрепленных за золотыми приисками Бодайбинского треста «Лензолото».
В марте-апреле 1949 года около 32 000 человек (около 10 000 семей) были депортированы из Литвы. Эта акция дала результат, который не был достигнут другими средствами террора: началась «бурная коллективизация», и комсомол увеличился в размерах. Стало ясно, как можно избежать Сибири: он должен был «добровольно» отказаться от своей фермы (вступить в колхоз), а молодежь — от своих убеждений.
С июня 1949 по август 1952 года МГБ организовало несколько крупномасштабных и маломасштабных акций по депортации в Литве: 6 июня и 7 июля 1949 года, 14 апреля, 1-2 сентября и 19 сентября 1950 года, 31 марта-1 апреля, 19-20 сентября, 2-3 октября и 30 ноября 1951 года, а также 23 января и 6 августа 1952 года. Характерным для этих депортаций было активное участие советских и партийных активистов в составлении списков: LCPIB] секретари, члены комитетов различного ранга, председатели и секретари исполкомов и так далее. Большинство этих «активистов» прибыли из России. Террор усилился. Осенью 1951 года массовые депортации проводились только в Литве; в Латвии и Эстонии депортаций не было.
Выполняя постановление Совета Министров СССР от 5 сентября 1951 г. «Об изгнании кулаков из Литовской ССР», включило 5 001 семью в списки лиц, подлежащих депортации. Для проведения депортаций было собрано 15 088 сотрудников МГБ, солдат, офицеров, милиционеров и стрибайцев, а также 8000 советских коммунистических активистов. Эта операция по депортации называлась «Осен» («Падение шины»).
2-3 октября 1951 года 16 150 человек (включая 5278 детей) были собраны в Литве и отправлены в места депортации в Красноярском крае.
Высшие должностные лица советского правительства санкционировали депортации, хотя их мотивация постоянно менялась. Иногда мотивация, основанная на этнической принадлежности, преобладала над политической мотивацией, и наоборот. Это были не «националисты», «кулаки» или как-то иначе назывались люди без национальности, а литовцы. Из 155 796 человек, которых организаторы и исполнители советского террора внесли в списки депортированных, не менее 132 000 были депортированы в Бурят-Монгольскую АССР, Коми АССР, а также в Красноярский, Иркутский, Томский районы, Молотов (ныне Пермь) и другие регионы Сибири и севера России. В 1946-1952 годах из различных регионов Советского Союза было депортировано 676 835 человек, которые были описаны как «специально переведенные лица» в документах МВД и МГБ. В течение нескольких лет литовцы составляли половину депортированных.
Год
Все депортированные в СССР
Депортированные из Литвы
Процент
Литовцев
1946-1947
255,198
8,402
3.2
1948
89,261
43,940
49.2
1949
221,231
33,500
15.1
1950
43,063
1,355
3,0
1951
45,483
21,177
46.5
1952
22,599
2,934,
13
Итого
676,835
111,388
16.4