В середине марта 1940 года после окончания Финской кампании у советского Союза развязались руки: Польши больше не было, с Берлином было заключено соглашение, в то время как Англия и Франция после начала войны не оказывали никакого влияния на события в Восточной Европе. Итак, настала очередь Литвы, Латвии и Эстонии. Политика СССР в странах Балтии весной 1940 года была четко скоординирована с нападением Германии на Западе. В середине апреля, когда Германия оккупировала Данию, а затем вторглась в Норвегию, посол Литвы в Москве Л. Наткявичюс почувствовал недружелюбие Кремля по отношению к Литве. 10 мая немцы начали крупное наступление на западе и вторглись в Нидерланды, Бельгию и Люксембург. В тот же день Наткявичюс проинформировал Каунас о крайне ухудшающемся отношении правительства СССР к Литве. 24 мая нацистская армия окончательно затянула кольцо вокруг войск союзников на севере Франции и в Бельгии (катастрофа под Дюнкерком), и перспективы победы Германии на Западном фронте стали очевидными. Именно тогда (25 мая) Молотов вручил Наткявичюсу дипломатическую ноту, в которой литовское правительство обвинялось в похищении солдат Красной Армии. Это была почти открытая угроза.
После обсуждения советской ноты литовское правительство отклонило обвинения как необоснованные, но пообещало продолжить поиски предположительно пропавших без вести солдат Красной Армии и провести тщательное расследование. Официальные литовские представители неоднократно обращались к посланнику СССР Н. Позднякову, командующему гарнизоном Красной Армии в Литве, и в Народный комиссариат иностранных дел СССР за разрешением взять интервью у якобы пропавших, а затем найденных красноармейцев, но ответом на все запросы из Литвы было категорическое «Нет!» УУрбшиса сложилось впечатление, что россияне искали боя.
После обсуждений с министром иностранных дел Урбшисом Сметона решил в период с 30 мая по 2 июня 1940 года назначить из числа дипломатов, работающих в дипломатических представительствах Литвы, Стасиса Лозорайтиса главой дипломатической службы, Петраса Климаса его первым заместителем и Юргиса Шаулиса своим вторым заместителем.
7 июня 1940 года, когда Красная Армия начала собираться у литовской границы для прямого вторжения, в ходе начавшихся переговоров между Молотовым и Меркисом в Москве против Литвы было выдвинуто еще одно обвинение: Литва якобы заключила секретный военный союз с Латвией и Эстонией, направленный против СССР, и, следовательно, нарушила договор от 10 октября 1939 года. Это обвинение, как и первое, касающееся похищения солдат Красной Армии, не было подкреплено никакими фактами. Правда заключалась в том, что еще в 1934 году действительно была создана общественная политическая и культурная организация трех прибалтийских государств, так называемая Балтийская антанта (Baltijos santarve), но Москва никогда не предъявляла к ней никаких претензий. Позже, когда Прибалтийские государства были оккупированы, Советы перестали пускать всем пыль в глаза и говорили совершенно открыто. В своей речи 1 августа 1940 года в Верховном Совете СССР Молотов не упомянул о похищенных солдатах Красной Армии или антисоветском блоке Литвы, Латвии и Эстонии, а только порадовался переносу границы СССР на побережье Балтийского моря и получению Советским Союзом столь необходимых незамерзающих портов.
На заседании 10 июня 1940 года правительство Литвы еще раз заявило, что оно строго придерживается дружественных отношений с Советским Союзом и договоров, заключенных между двумя странами. Также было принято решение сменить правительство (Молотов обвинил министра внутренних дел и директора Департамента государственной безопасности в провокациях») и даже выйти из Балтийской антанты, если этого потребует Москва.
Вечером 11 июня в Кремле состоялись третьи и заключительные переговоры между Меркисом и Молотовым, на которых присутствовали Урбшис и Наткявичюс, но переговоры по-прежнему зашли в тупик. 12 июня премьер-министр Меркис отбыл в Каунас, оставив Урбшиса в Москве для продолжения переговоров. По прибытии Меркис проинформировал президента и правительство о переговорах. Заслушав отчет Меркиса, члены правительства решили, что министр внутренних дел Казис Скучас должен уйти в отставку, тогда как директор Департамента государственной безопасности Августинас Повилайтис, которого больше всего не любили в Москве за его борьбу с антигосударственным коммунистическим движением, будет уволен без промедления. Министру иностранных дел Урбшису было поручено сообщить об этом решении советскому правительству и получить подтверждение того, считает ли советское правительство инцидент исчерпанным. Дальнейших решений принято не было.