Советская оккупация и Аннексия
Дипломатическая нота СССР от 25 мая 1940 года. Переговоры в Москве
Руководство СССР неоднократно заявляло о верности договору от 10 октября 1939 года и дружественном отношении к Литве. 31 октября на сессии Верховного Совета Молотов заявил, что договоры «никоим образом не подразумевают какого-либо вмешательства Советского Союза в дела Эстонии, Латвии или Литвы». Официальные литовские представители согласились с советским руководством. В своей речи 11 октября 1939 г. Сметона сказал: «Советская Россия — дружественная нам страна» и упомянул границы Литвы, которые «мы одни слишком малы и слишком слабы», чтобы защищать. 17 апреля 1939 г. премьер-министр Антанас Меркис заявил на встрече представителей «Pienocentras» (ассоциации переработчиков молочной продукции): «Литовское правительство не находит оснований полагать, что Литве угрожает какая-либо опасность». Подобными заявлениями руководство страны подавило бдительность нации и психологически обезоружило ее.
Конечно, в Литве были люди, которые осознавали возникшую угрозу независимости страны. Уже в 1939 году литовские дипломаты указали Президенту, правительству и другим государственным должностным лицам на опасные действия, осуществляемые Советским Союзом, и их возможные последствия для литовского государства. Посол Литвы в Риме Стасис Лозорайтис попросил разрешения созвать конференцию литовских послов за границей для обсуждения ситуации и внесения предложений относительно угрозы советской оккупации. Когда было получено одобрение министра иностранных дел, 29 октября-2 ноября 1939 года литовские посланники Стасис Лозорайтис, Петрас Климас и Брониус Казис Балутис встретились в Париже и обсудили перевод правительства за границу в случае советской оккупации. Однако для достижения признания правительства в изгнании западными государствами было необходимо, чтобы Литва считалась страной, находящейся в состоянии войны с государством, с которым страна, принявшая правительство Литвы в изгнании, также находилась в состоянии войны. Послы предложили заранее назначить лицо, которое было бы уполномочено координировать деятельность дипломатической службы Литвы (LDS) за рубежом.
После встречи Лозорайтис отправился в Каунас, чтобы представить меморандум, подготовленный посланниками, и заметил определенное отсутствие интереса со стороны исполнительной власти к меморандуму. В мае 1940 года, когда нацистская Германия оккупировала Бельгию и Голландию, Лозорайтис еще раз запросил Министерство иностранных дел о выполнении меморандума, но ответа от министерства не получил. Ни одна из мер, предложенных посланниками, не была реализована. Советская агрессия в Финляндии вызвала беспокойство у литовского правительства. В мае 1940 года штаб армии продолжал получать информацию о размещении крупных частей Красной Армии на литовской границе в Беларуси. Следовательно, советский ультиматум от 14 июня не должен был стать неожиданностью для литовского правительства. На подготовку было достаточно времени, но оно не было использовано.
Правительство и Государственный совет обороны неоднократно обсуждали, что следует предпринять, если ситуация станет угрожающей. В феврале 1940 года было решено, что правительство покинет Литву в критический момент, а армия будет прикрывать его эвакуацию. На заседании Государственного совета обороны в начале мая было разъяснено, что в случае советской агрессии: 1) будет оказано вооруженное сопротивление, 2) Президент и правительство под защитой армии отправятся в Кудиркос Наумиестис, и 3) в худшем случае президент и правительство переедут в Германию. В июле 1940 года Сметона написал следующее о премьер-министре Меркисе: «[...] Он был похож на человека, ожидающего, что кто-то другой сделает то, что должен сделать он сам. Он колебался». Это описание относилось ко многим литовским государственным деятелям, министрам и генералам, и в первую очередь к самому Президенту, которому явно не хватало воли противостоять насилию и защищать государство.