С середины тридцатых годов, когда угроза войны росла, а роль Германии и Советского Союза в Европе усиливалась, начались дискуссии, сначала на «верхнем уровне» общества (даже в администрации президента), а впоследствии и в «нижнем слое» общества, о том, на чью сторону — Германии или Советского Союза — Литве следует встать в случае катастрофы. Президент Сметона и большинство литовских политиков выступали за более тесные связи с Россией, поскольку это якобы было менее опасно для литовской национальной идентичности.
После того, как гитлеровская Германия свернула на путь реваншизма, особенно после того, как она заключила соглашение с большевистским СССР, возникла новая угроза независимости государств, созданных после Первой мировой войны, включая Литву. Польша, с которой у Литвы не было никаких отношений после захвата Вильнюса в 1920 году, бросила Литве первый вызов. Попытки обеих сторон урегулировать их оказались безуспешными. Весной 1938 года Варшава решила применить силу. Поддержав агрессию Германии против Австрии, Польша получила молчаливое согласие Берлина оказать давление на Литву. Воспользовавшись пограничным инцидентом, Варшава 17 марта предъявила ультиматум правительству Литвы, потребовав установления дипломатических отношений в течение 48 часов. Правительство Литвы почти без обсуждения приняло требование Варшавы. Хотя в новой Конституции, вступившей в силу в мае 1938 года, статья о том, что Вильнюс является столицей Литвы, осталась, нация полностью понимала, что принятие ультиматума означало отрицание их исторической столицы. Польша открыла свое консульство в Клайпеда (тем самым признавая его частью Литвы), а Литву — в Вильнюсе. Нация чувствовала себя униженной, и это вызвало моральный кризис. И без того шаткий авторитет Сметоны и националистов упал в обществе.
Весной 1938 года центральные офисы запрещенных в 1936 году партий возобновили свою деятельность. После разрешения своих внутренних разногласий христианские демократы и члены популистского крестьянского союза сформировали союз под названием Ашис (Ось) (в 1939 году к нему присоединились социал-демократы). Прокламация, распространенная союзом («К нации и правительству»), требовала формирования коалиционного правительства — идея, поддержанная широкими слоями общества. Было сформировано новое правительство, но в нем не было представителей оппозиции. Высокий уровень общественного недовольства правительством, возрождение оппозиции, разногласия внутри Литовского националистического союза и частая смена правительства показали, что весной 1938 года, после принятия польского ультиматума 17 марта, в Литве начался политический и моральный кризис.
После того, как Гитлер оккупировал Чехию весной 1939 года, у литовцев возникло ощущение, что Клайпеда будет следующей на очереди. 20 марта министр иностранных дел Литвы Юозас Урбшис остановился в Берлине, возвращаясь с церемонии интронизации папы римского Пия XII. Министр иностранных дел Германии Иоахим фон Риббентроп предъявил ему ультиматум с требованием немедленной сдачи Клайпедского региона Германии. На следующий день правительство Литвы решило удовлетворить требование Берлина. Мир едва ли заметил оккупацию Клайпеда, потому что 24 марта Берлин потребовал Данциг (Гданьск) у Польши. Литва потеряла более 2/3 своего узкого выхода к морю и единственный порт, через который осуществлялось 80% внешней торговли страны. Почти 1/3 литовской промышленности осталась в Клайпеде, что значительно сократило поступления в государственный бюджет. Литве пришлось принять более 10 000 беженцев из Клайпедского региона. Моральный ущерб был еще более болезненным.
Тем временем союз ашисов активизировался и потребовал создания коалиционного правительства, которому доверяет вся страна. На этот раз руководство вооруженных сил поддержало оппозицию. Негативное отношение президента Сметонаса к коалиции не изменилось, но с ростом политической напряженности в стране президент был вынужден маневрировать и создать подобие коалиционного правительства. 28 марта 1939 года было сформировано правительство «единой работы» под руководством бригадного генерала Йонаса Чернюса. Правительство ликвидировало Управление общественных работ (Visuomeninio darbo vadyba) агентство, которое готовило обязательные статьи для газет и журналов и очень сильно раздражало общественность. Все это создавало иллюзию восстановления демократии в стране. Однако истинная суть «коалиционного» правительства проявилась очень быстро. Представители Христианско-демократической партии и Популистского крестьянского союза были приглашены войти в состав правительства в качестве частных лиц. Их соответствующие партии не имели реального влияния на государственные дела. Сметона продолжал твердо контролировать руль правительства и не делал никаких уступок оппозиции. Не было никаких признаков демократизации в управлении страной. Общество было разочаровано.