Формально централизация началась в 1962 году, когда ЦК КПСС принял решение о создании Народного экономического совета на союзном уровне, который должен был не только координировать, но и контролировать деятельность региональных УИК. Вместо УИК малой республики планировалось создать крупные экономические районы в соответствии с географическими районами и основными отраслями промышленности. Контроль республики над УИК Литвы подходил к концу. В 1962 году было принято решение передать управление некоторыми отраслями экономики СССР вновь созданному Северо-Западному или Балтийскому экономическому району, в который вошли Ленинградская и Калининградская области, Эстония, Латвия и Литва. Также было возрождено название «Северо-западный» территориально-географический регион, использовавшееся в царские времена. Центром этого экономического конгломерата должна была стать Рига.
В своих официальных выступлениях Снечкус поддерживал включение Литвы в этот экономический регион, но в частных беседах выступал против этого, поскольку это снижало его роль в республике как условного «хозяина Литвы». Осуществляя политику централизации в 1963 году, Литовская железная дорога, переданная Литве в 1956 году, была включена в систему Балтийских железных дорог, и Рига стала центром Балтийской железной дороги, таким образом, контрольные функции железной дороги были утрачены. Москва также приступила к централизации других отраслей экономики. Судя по всему, Руководство ЛССР было очень недовольно потерей контроля над экономикой. Рыбная промышленность Литвы была передана Главному управлению рыбной промышленности Западного бассейна СССР. Электроэнергетическая система была включена в единую энергетическую систему Северо-запада.
В 1962 году промышленность Калининградской области была передана УИК Литовской ССР. Как в Литве, так и за рубежом ходили разговоры о том, что Калининградская область будет передана Литве. Поведение руководства LCP по этому вопросу было неоднозначным. Компания никогда официально не предъявляла каких-либо территориальных претензий или предложений Москве относительно соседних земель, но в частном порядке проявляла интерес к южной части Куршской косы. Снечкус был против включения Калининграда в состав Литвы ССР УИК, потому что это было бы необходимо для управления разоренной Калининградской областью и ее слабо развитой промышленностью. Процесс промышленной интеграции этих регионов был сложным. Литва не проявляла большой инициативы. Не хватало материальных ресурсов, людей, оборудования и желания.
Руководство ЛССР не было в восторге от повторной централизации, хотя и официально приняло ее. Было очевидно, что потеря функций экономического управления подорвет роль руководства ЛССР. Даже на встречах с посланцами Кремля, на которых обсуждалась реорганизация управления экономикой, Снечкус осмелился высказать свое возражение и утверждал, что, потеряв рычаги управления, литовское руководство больше не будет нести ответственности за экономическое положение Литвы и, следовательно, оно не улучшится. Управление экономикой Литвы через УИК не сделало экономику Литвы автономной. Доминировали монополистическое руководство ЦК КПСС, бюрократический централизм, администрация и командование. Постоянно подчеркивался приоритет государственных интересов СССР, в то время как «регионализм» и «национальный эгоизм» подвергались резкой критике.
Однако система УИК оказалась полезной для Литвы, в которой в послевоенные годы не было такой централизованной индустриализации, как в Латвии и Эстонии. Во-первых, промышленные предприятия в Литве были распределены таким образом, чтобы максимально использовать местные природные и трудовые ресурсы. Благодаря более рациональному размещению производственных мощностей и трудовых ресурсов Литовской ССР удалось избежать социального кризиса, вызванного большим притоком рабочей силы-иммигрантов. Во-вторых, Литва сосредоточилась на производстве потребительских товаров (например, ей не нужно было производить железнодорожные вагоны, как в Латвии). Все это привело к значительному росту стоимости жизни, особенно по сравнению с послевоенными неурядицами, но эффективность социального развития, указывающая на рост благосостояния (влияние на уровень и качество жизни) в Советском Союзе и Литве, была очень низкой.