Несмотря на политическую либерализацию, руководство LCP никогда не опускало руки — в основном оно последовательно выполняло все указания Кремля. Снечкус и его приспешники всегда действовали без колебаний и строго и использовали превентивные методы. В июне 1958 года ЦК ЛКП уволил Юозаса Булаваса с должности ректора университета, который, по словам Снечкуса, «провозгласил борьбу с коммунизмом». С 1959 по 1961 год Ирена, преподаватель кафедры литовской литературы Вильнюсского университета, Kostkeviciute, Meile Luksiene, Aurelija Rabaciauskaite and Vanda Zaborskaite were dismissed for «nationalism». Общество региональных исследований ЛССР и журнал «Kulturos barai» («Культурные бары») постоянно обвинялись в национализме. Тем не менее, до лета 1959 года руководство ЛКП не получало никаких инструкций из Москвы об изменении политического курса.
Русскоязычные люди, приехавшие в Литву, не были удовлетворены такими «косметическими» действиями администрации ЛССР. Назойливые жалобы колонистов вынудили кремлевских лидеров внимательнее присмотреться к ситуации в Литве и других прибалтийских республиках. Например, полковник запаса В. Сучнев, проживающий в Каунасе, написал, что он представлял Каунасский военный гарнизон и 1250 российских коммунистов. В период с 1958 по 1959 год он писал письма на имя ЦК КПСС и Президиума Верховного Совета СССР, в которых объяснял и жаловался, что после того, как республики получили больше прав, автономии, они начали различными способами преследовать русских (их уволили с работы, им было трудно устроиться на работу, в магазинах и учреждениях информация вывешивается на литовском, а не на русском языке, люди, к которым обращались на русском, не получали ответов и т.д.) литовская молодежь была враждебно настроена по отношению к русским и ждала американцев, а партийные и советские органы просто «наблюдали и всячески поддерживали это». Он даже упрекнул и пригрозил Хрущеву: «Если внутренняя политика Хрущева в отношении русских не изменится, мы будем бороться даже с оружием в руках». 20 мая 1959 года КГБ ЛССР арестовал полковника запаса Сучнева.
В течение многих лет политический авторитет членов организаций КПСС в республиках не вызывал у Кремля каких-либо серьезных проблем. Однако в конце 1950-х годов было замечено, что, приобретя большую экономическую независимость, коммунисты стран Балтии, которых в России называют «националами», все чаще стали относиться к территориям, переданным в их управление Москвой, как к «своим», покровительствовали местным кадрам и назначали их на руководящие должности, игнорировали русскоязычных людей, а в общественной жизни начали развивать местные языки, которые начали затмевать русский язык, например, в сфере высшего образования. 3 марта 1959 года партийное руководство Литвы все же попыталось изложить причины увольнения или перевода русскоязычных сотрудников на более низкие должности, заявив, что «[...] приехав в Литву, некоторые сотрудники игнорировали литовский язык, обычаи и культуру и выражали недовольство местным персоналом», однако Москва не прислушалась к литовскому руководству. «Регионалистские» и «националистические» тенденции в прибалтийских республиках могут стать прецедентом для других республик СССР.
На пленуме ЦК КПСС в Москве 28 мая 1959 года ЦК ЛКП подвергся критике за «чрезмерное» выдвижение литовцев на руководящие должности. Снечкус отреагировал быстро и на пленуме ЦК ЛКП 14-17 июля признал, что предыдущий политический курс был ошибочным, подчеркнул, что «бюро ЦК вовремя не заметило (не без влияния националистических элементов) абсолютного приоритета языка, когда знание языка стало важнейшим качеством для сотрудника [...]», и за их национальную ориентацию раскритиковал руководителей отделов (Юозаса Булавас, Александрас Дробнис, Людас Карецкас, Йонас Лауринайтис, Витаутас Вазалинскас и другие), которые «способствовали разжиганию антироссийских настроений». Снечкус заявил, что местный персонал — это не только литовцы, но и все лица, проживающие в Литве. Было неправильно, что наибольшее внимание уделялось обучению литовского персонала и повышению его квалификации. Снечкус обвинил Министерство образования и руководителей высших учебных заведений и научных учреждений в патриотических чувствах интеллигенции и молодежи. По его словам, в высших учебных заведениях было слишком мало русских групп, а бывший ректор Вильнюсского университета Юозас Булавас хотел вообще исключить русскоязычных из университета. Проф. Йонас Дагис из Вильнюсского университета, ректор Сельскохозяйственной академии Йонас Булавас, доцент Педагогического института Марселинас Рочка и другие сотрудники университета были обвинены в «национализме». При поддержке Снечкуса, русскоязычные участники пленума атаковали Sumauskas. Второй секретарь ЦК ЛКП Борис Шарков, первый секретарь Шальчининкайского комитета ЛКП А. Романов и другие выразили открытое недовольство литовскими лидерами.