Пленум принял предложение Снечкуса и отменил постановление ЦК ЛКП, принятое в июне 1953 года относительно продвижения сотрудников литовской национальности и более широкого использования литовского языка. Москве и всей администрации ЛССР было ясно, что истоки «национализма» в Литве были результатом политики Берии 1953 года. Русскоязычные участники пленума с энтузиазмом поддержали это решение. Снечкус был недоволен этим и спросил их, почему они выделяются среди других участников пленума.
Сразу после пленума в Литве начался «смотр» кадров; в 1959 году заместитель директора по науке Вильнюсского педагогического института Йонас Лаужикас, деканы Феликсас Мажулис и Витаутас Кулакаускас, преподаватели Юозас Ясинявичюс, Марселинас Рочка и Зенонас Славюнас были уволены как «политически неблагонадежные». Бывший ректор Вильнюсского университета Булавас был исключен из Коммунистической партии. До 1 ноября 1959 года были заменены 42 секретаря райкомов партии и 13 председателей исполкомов. Всего на руководящие должности были назначены 78 новых сотрудников.
В высшем эшелоне партийной номенклатуры Литвы произошли изменения, но Снечкус благодаря своей способности адаптироваться к новым политическим условиям и выполнять требования Москвы избежал этой участи. Во многих местах молодые люди были назначены на многие более высокие должности. Многие были выпускниками Вильнюсской и Ленинградской высших партийных школ. Это позволило стабилизировать общественное настроение и укрепить политический режим в Литве, хотя количество русскоговорящих сотрудников на многих должностях было значительно сокращено. Число литовцев на руководящих должностях как в партийных, так и в государственных организациях продолжало увеличиваться. В 1959 году литовцы составляли 77% в Совете министров ЛССР, а в 1964 году этот показатель составлял 81%; в 1959 году литовцев было 67.,,7% аппарата ЦК ЛКП, а в 1970 году — 76,5%. В 1959 году литовцы составляли 92,6% председателей и заместителей председателей исполнительных комитетов, а в 1960 году — 94%. В 1970 году номенклатура ЦК ЛКП на 81,1% состояла из литовцев. Но они не менее последовательно проводили политику русификации Литвы.
Пленум ЦК ЛКП, состоявшийся в июле 1959 года, оказал значительное влияние на развитие оккупированной Литвы. Администрации ЛССР было недвусмысленно заявлено, что национальные вопросы больше не должны рассматриваться, в противном случае они могут попрощаться со своей работой на руководящих должностях. Они должны были работать таким образом, чтобы ни у Москвы, ни у местного русскоязычного населения не возникало проблем. Действительно, национальные отношения больше официально не обсуждались. Что касается Москвы, то проблема, казалось, была решена. Литовские коммунисты были настолько запуганы, что им потребовалось целых 30 лет, чтобы снова поднять вопрос о нации под давлением общества в 1989-1990 годах.