Получив отчеты антропологических комиссий, имперское министерство по делам оккупированных восточных территорий приступило к подготовке директив по германизации народов Прибалтики. Нацисты не ставили своей целью тотальную германизацию прибалтийских народов. Основной проблемой был отбор расово ценных элементов и их постепенная германизация, а также изоляция и уничтожение расово нежелательных людей. В «Соображениях по вопросу германизации народов восточных территорий», подготовленных в ноябре 1942 года, предусматривалось, что, в отличие от эстонцев и латышей, расово ценные литовцы должны быть германизированы только в Германии. Таких литовцев может быть до полумиллиона. Литовцы должны были быть вывезены на заработки в Германию, крестьяне должны были быть рассредоточены по населенным немцами районам Генерал-губернаторства, Западной Пруссии, провинции Варта и Верхней Силезии. Рассеянные таким образом литовские крестьяне должны были быть когда-то германизированы. Поскольку большая часть литовской нации была непригодна для германизации, было предложено отказаться от интенсивной политики языковой и культурной ассимиляции. Однако поражение немцев на фронтах замедлило реализацию проектов германизации чиновниками министерства Розенберга. Они были отложены до тех пор, пока военная позиция «не прояснится».
Холокост в Литве. Расовый геноцид
Массовые убийства литовских евреев в Вильнюсе и Каунасе
Когда нацистская партия пришла к власти в Германии, антисемитизм стал национальной политикой. Позже эта политика была распространена и на европейские страны, оккупированные Третьим рейхом. Следует отметить, что нацистская Германия инициировала преследование и массовые убийства евреев, но в некоторых оккупированных странах, включая Литву, нацистам удалось вовлечь некоторых местных жителей и сотрудничающие организации в это преступление. Нацистской пропаганде удалось воспользоваться антикоммунистическими и антиеврейскими настроениями, накопившимися за период советской оккупации, и убедить некоторых литовцев в том, что большевизм был еврейским правительством и что евреев в первую очередь следует винить в пережитых несчастьях во время советской оккупации и аннексии.
Геноцид евреев (Холокост) в Литве условно можно разделить на три периода: конец июня 1941-ноябрь 1941, декабрь 1941-март 1943 и апрель 1943-середина июля 1944. Массовые убийства евреев начались в Литве в первые дни нацистско-советской войны. Еще до создания гетто (август 1941 г.) в Литве были убиты тысячи евреев. Самые ранние организованные массовые убийства евреев были совершены в прилегающих к Германии районах Литвы и в Каунасе. Уже в первый день войны, по прибытии в Тильзит Шталекер приказал начальнику полиции безопасности Тильзита Х. Я. Беме начать убивать евреев и коммунистов в 25-километровой полосе в Литве. Вскоре после этого оперативный отряд «Тильзит», сформированный из сотрудников гестапо и СД, а также немецких полицейских из Клайпеды, начал кампании по «зачистке» литовской границы. Отряд гестапо Тильзита организовал первую резню 24 июня 1941 года в Гаргждае, в результате которой был расстрелян 201 человек. К 11 июля 1941 года в ходе операции в Тильзите было убито 1542 человека в различных местах Литвы, а летом 1941 года в общей сложности 5 502 человека. Подавляющее большинство жертв были евреями.
Прибыв в Каунас 25 июня 1941 года, Шталекер также начал организовывать кампании по уничтожению евреев и коммунистов. Позже (15 октября) он написал об этом обширный доклад Гиммлеру. Одной из важнейших задач Шталекера было вовлечение местных жителей в массовое уничтожение евреев и сокрытие вины нацистов. В упомянутом отчете Шталекер писал: «При захвате города уже в первые часы предпринимались усилия, чтобы вызвать погромы против евреев, хотя было трудно поднять местные антисемитские силы».