Однако с июля 1941 года, когда нацисты уже оккупировали всю территорию Литвы и был введен оккупационный режим, преследование евреев приняло другой характер. От отдельных погромов произошел переход к массовым убийствам евреев. Сначала это было сделано в Каунасе. 2 июля 1941 года 3-й оперативный отряд группы «А» официально взял на себя функции по обеспечению безопасности в Литве. Литовские повстанческие отряды, сформированные в Каунасе, были разоружены 28 июня 1941 года. Однако в тот же день (28 июня) в Каунасе началась организация батальона Национальной охраны труда (Таутинио дарбо апсауга, TDA) (которым командует полковник Андрюс Буткунас). Совместно с немецким гестапо батальон TDA начал проводить систематические и массовые убийства евреев в Каунасских фортах и провинции. Каунасский форт VII был выбран в качестве первого места массового убийства. Подчиняясь приказу Егера, командира 3-го оперативного отряда группы «А», 4 июля 1941 года было убито 463 еврея, а 6 июля — еще 2514 евреев.
1-й и 3-й корпуса батальона TDA совершили массовые убийства евреев в форте VII. 3-й корпус батальона TDA, возглавляемый лейтенантами Брониусом Норкусом, Юозасом Барзд и Анатолиюсом Дагисом, обычно участвовал в последующих кампаниях по уничтожению евреев. Когда проводились особенно масштабные кампании по уничтожению, в них участвовали почти все члены батальона. В августе 1941 года каунасские евреи были убиты в Каунасском форте IV, а начиная с октября — в форте IX. Здесь проводились казни до самого конца нацистской оккупации. Крупнейшая резня евреев Каунаса была совершена 29 октября 1941 года. Накануне резни гестапо отобрало для расстрела около 10 000 евреев из Каунасского гетто. Для расстрела были выбраны многодетные семьи, физически слабые люди, пожилые и больные. Солдаты TDA (позже названного 1-м полицейским батальоном) также участвовали в отборе. 29 октября осужденных евреев из Каунасского гетто насильственным маршем отвели в форт IX и расстреляли там в огромных заранее вырытых траншеях. Резня продолжалась в течение дня и закончилась в сумерках. 3-й корпус батальона TDA и около 20 немецких офицеров и солдат в основном вели перестрелку. В отчете Егерса говорится, что 29 октября 1941 года в форте, что в IX, было убито 9200 евреев: 2 007 мужчин, 2 920 женщин и 4 273 ребенка. Егер цинично назвал резню «очищением гетто от лишних евреев». Подводя итог массовым убийствам евреев в Каунасе, можно сказать, что с 4 июля по 11 декабря 1941 года в каунасских фортах немецкое гестапо совместно с батальоном TDA (в частности, 3-го корпуса) убило около 26 000 евреев из Литвы и других стран (Германии, Австрии, Чехии).
Большинство массовых убийств евреев в Литве (за исключением Вильнюсского и Шяуляйского районов) в 1941 году были связаны с мобильным отрядом оберштурмбаннфюрера СС Иоахима Хаманна (Rollkommando Hamann). В знаменитом отчете Егера от 1 декабря 1941 года говорилось, что «цель по истреблению евреев Литвы могла быть достигнута только благодаря тому, что из отборных людей был организован мобильный отряд во главе с оберштурмбаннфюрером Ва Фламанном, который полностью понимал мои собственные цели и сумел обеспечить сотрудничество с литовскими повстанцами и соответствующими гражданскими институтами»................... Мобильный отряд Хаманна не был регулярно действующим подразделением с постоянной дислокацией. Обычно он формировался для конкретной кампании из нескольких сотрудников немецкого гестапо и десятков солдат батальона TDA. Сам Хаманн часто даже не выезжал в кампании по уничтожению в провинции, а только поручал задания офицерам батальона TDA (Дагису, Барзде, Норкусу и другим). Мобильный отряд отправлялся в кампанию уничтожения в провинции после того, как была проделана вся подготовительная работа: евреи, приговоренные к смертной казни, были собраны в одном месте под охраной местной полиции и так называемых повстанцев (baltaraisciai | белоленточные милиционеры I), было выбрано удаленное место для резни (обычно в лесах или отдаленных полях) и вырыты ямы.