На 1 июля 1941 года в литовских тюрьмах находилось 3456 мужчин и 563 женщины. С 1 июля 1941 года по 1 января 1942 года 23 502 мужчины (освобождено 2143) и 2857 женщин (освобождено 2670) были заключены в тюрьму. За этот период 288 заключенных получили судебные приговоры и 311 были наказаны административными штрафами. Девять мужчин и одна женщина умерли в тюрьме.
Используя беспорядки и спонтанные суммарные наказания, немцы пытались притвориться освободителями, выпустив некоторых заключенных из тюрем и мест содержания под стражей. Бесконтрольные казни могут привести к неразберихе за линией фронта, в местной экономике и общественной жизни, что приведет к нежелательным последствиям для захватчиков. Немцы также дали литовцам понять, что только немцы могут решать, кого и сколько человек следует арестовать или казнить. После создания гражданской оккупационной власти были введены ограничения на убийства и аресты коммунистов и советских активистов. Добросовестные сотрудники литовских учреждений также протестовали против незаконных казней и суммарных наказаний. Точное количество коммунистов и советских активистов, погибших или казненных в начале войны, неизвестно. По информации органов безопасности Германии и Литвы, на 1 декабря 1941 года был убит 781 коммунист, комсомольец и советский активист. Однако эта информация является неполной и не включает массовые убийства, совершенные Тильзитским оперативным отрядом летом 1941 года в Вильнюсском и Шяуляйском уездах. В отчете Шталекера от 15 октября 1941 года говорилось, что на эту дату в Каунасском, Шяуляйском и Вильнюсском уездах было убито в общей сложности 860 коммунистов.
В 1942 году деятельность коммунистического подполья в Литве стала еще более активной. Десантники (в основном бывшие агенты НКВД), подготовленные в специальных учебных заведениях НКВД, высаживались в Литве и пытались установить контакт с оставшимися коммунистами, беглыми советскими военнопленными и скрывающимися евреями. Тайные коммунистические группы активизировались в городах, а советские партизаны — в лесах. Полиция безопасности Германии и Литвы все чаще привлекалась к борьбе с коммунистическим подпольем. В 1942 году погибло 415 советских активистов, партизан и подпольщиков. Среди них были секретарь ЦК ЛКП[Б] и руководитель оперативной группы Ицикас Мескупас-Адомас, лидеры подполья и партизанских групп Юозас Дашкаускас, Адомас Годляускас, Повилас Малинаускас, Антанас Мильвидас, Каролис Петрикас, Петрас Шименас, Альфонсас Вилимас и другие.
Согласно советским источникам, в начале войны около половины членов Коммунистической партии Литвы (более 2000 из 4625) и большинству членов комсомола (11 800 из 14 000) не удалось бежать из Литвы. Некоторые из них были убиты в первый год оккупации. В 1941 году было убито немало известных советских активистов:, бывший председатель Народного парламента Литовской ССР Людас Адомаускас, народный комиссар коммунального хозяйства ЛССР депутат Верховный Совет ЛССР Пранас Зибертас, депутат Верховного Совета СССР Ядвига Буджинскене, начальник юридического отдела Президиума Верховного Совета ЛССР Андрюс Булота и другие.
Многие литовцы погибли в результате репрессий немцев против террористических актов, совершенных советскими партизанами. С самого начала оккупации нацисты применяли коллективные наказания к гражданскому населению. В 1941 году были убиты 43 жителя деревни Аблинга. 19 мая 1942 года партизаны под командованием Федора Маркова убили трех немецких чиновников недалеко от Швенчиониса. Вскоре после этого события немцы начали репрессии против ни в чем не повинных мирных жителей и расстреляли «400 диверсантов и коммунистов». На самом деле, они просто убивали первых попавшихся ни в чем не повинных мирных жителей.
9 сентября 1943 года генеральный комиссар фон Рентайн издал указ о том, что в тех населенных пунктах, где действовали советские партизаны, деревни будут сожжены, имущество конфисковано, а жители депортированы в Германию для принудительных работ или в концентрационные лагеря и тюрьмы. Когда активизировалась деятельность партизанского движения в восточной Литве, 9-й и 16-й полки СС и полиции были переброшены из Ленинградской области.
Немецкие солдаты 16-го полка СС и полиции совершили самое жестокое преступление 3 июня 1944 года. В отместку за нескольких немецких солдат, убитых советскими партизанами, нацистские солдаты 9-й и 10-й рот 3-го батальона 16-го полка сожгли всю деревню Пирчюпяй. Сто девятнадцать жителей деревни погибли в огне или были расстреляны. В августе этот полк был переброшен в Латвию. 16-й полк СС и полиции вместе с Курляндской группой (Kurso grupuote) был окружен и сдался 8 мая 1945 года. Нацисты уничтожили в общей сложности 21 деревню в Литве.
Истребление военнопленных
Во время немецкой оккупации советские военнопленные в Литве и евреи были категорией врагов рейха, которые были уничтожены больше всего и понесли наибольшие потери.